结论：机动三轮车被交通事故认定书认定为非机动车且错过复议时效后，在诉讼中可通过提出异议、申请法院调查取证、申请专家辅助人出庭、主张程序违法等途径进行救济。

具体分析如下：

1. 在诉讼过程中对事故认定书提出异议：

   • 在民事诉讼中，虽然交通事故认定书是重要的证据，但它并非不可推翻。根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人有权对证据提出异议，并说明理由。因此，在诉讼过程中，你可以向法院提出对事故认定书的异议，指出认定书中存在的错误或不合理之处，例如认定标准错误、事实认定不清等。
   • 法院在审理案件时，会对所有证据进行综合审查判断。如果法院认为事故认定书确实存在错误，可能会不采纳该认定书作为定案依据，或者要求相关部门重新进行认定。

2. 申请法院调查取证：

   • 如果你认为事故认定书的作出过程中存在违法行为或程序瑕疵，影响了认定的公正性，你可以向法院申请调查取证。根据《民事诉讼法》的规定，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
   • 通过申请法院调查取证，你可以获取与事故认定相关的更多信息，如监控录像、证人证言等，从而为你的主张提供更有力的支持。

3. 申请专家辅助人出庭：

   • 在涉及专业问题的诉讼中，当事人可以申请专家辅助人出庭，就专业问题提出意见。对于机动三轮车是否属于非机动车的认定，可能涉及车辆设计、性能等方面的专业知识。
   • 你可以聘请相关领域的专家作为辅助人出庭，对事故认定书中的专业问题进行解释和说明，帮助法院更准确地理解案件事实。

4. 主张程序违法，要求撤销或变更认定：

   • 虽然你已经错过了复议时效，但在诉讼中，你仍然可以主张事故认定书的作出程序违法。例如，如果认定书的作出过程中存在违反法定程序、超越职权、滥用职权等情形，你可以向法院提出这些主张。
   • 如果法院认为你的主张成立，可能会根据具体情况撤销或变更事故认定书，或者对认定书的效力作出否定性评价。

行动建议：

• 及时收集证据：在诉讼过程中，要尽可能收集与事故认定相关的证据，如现场照片、视频、证人证言等，以支持你的主张。
• 咨询专业律师：虽然我作为律师已经给出了上述建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在诉讼过程中，建议你咨询专业律师，以便根据你的案件情况制定更具体的诉讼策略。
• 注意诉讼时效：在提起诉讼时，要注意诉讼时效的问题。如果超过了法定的诉讼时效期间，你的诉讼请求可能会被法院驳回。