当发现有人（包括员工）偷拿店里的东西时，这是一个涉及法律和管理的问题，需要采取及时、合法且有效的措施来处理。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、确认事实并收集证据
首先，店铺应迅速行动，通过查看监控录像、检查库存记录、盘点货物和现金等方式，获取确凿的证据来证明偷窃行为。证据的收集和保存是后续处理的基础，对于维护店铺的合法权益至关重要。务必确保所有证据都是合法获取的，并且能够清晰地证明偷窃行为。
二、根据情节轻重选择处理方式
非刑事途径
内部沟通协商：如果偷拿的物品价值较小，情节相对轻微，并且是初犯，店铺可以选择与涉事人员进行内部沟通。在合适的场合下，指出其错误行为，要求其返还偷拿的物品，并进行适当的教育和警告。这种方式适用于情节较轻的情况，有助于维护店铺与员工之间的关系。
按规章制度处理：如果店铺有明确的规章制度对员工盗窃行为作出了规定，如纪律处分、经济处罚等，那么可以按照规章制度对该员工进行处理。处理过程需确保程序合法合规，并将结果书面通知员工。这有助于维护店铺的规章制度和秩序。
刑事途径
治安管理处罚：如果偷拿的物品价值虽小，但行为违反了治安管理规定，或者偷拿行为多次发生，店铺可以报警，由公安机关介入处理。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》，盗窃公私财物的，将面临拘留和罚款等处罚。
刑事诉讼：当偷拿的物品价值达到当地规定的盗窃罪立案标准时，店铺应及时向公安机关报案，并提供相关证据。一旦立案侦查，涉事人员将面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的规定，盗窃公私财物数额较大的，可能面临有期徒刑、拘役、管制、罚金或没收财产等刑罚。
三、民事责任与赔偿
除了刑事责任外，偷拿者还需承担民事责任，即赔偿因偷窃行为给店铺造成的经济损失。店铺可以根据实际情况，要求偷拿者返还偷拿的物品或等值价款，并赔偿因此产生的其他损失，如库存短缺导致的销售损失、调查费用等。
四、预防与管理措施
为了避免类似事件的再次发生，店铺应采取一系列预防和管理措施：
加强员工培训：提高员工的法律意识和职业道德水平，让他们明白偷窃行为的严重性和后果。
完善店铺管理制度：确保店铺的财务管理、库存管理等制度健全且有效执行，减少偷窃行为的发生机会。
加强安保措施：如安装更多的监控设备、加强巡逻等，提高店铺的安全防范能力。
建立举报机制：鼓励员工积极举报违法违规行为，对举报者给予适当的奖励和保护。
综上所述，处理偷拿店里东西的问题需要综合考虑法律、管理和预防等多个方面。店铺应首先确认事实并收集证据，然后根据情节的轻重选择合适的处理方式。同时，店铺还应加强预防和管理措施，以避免类似事件的再次发生。