工厂未开票给货代公司且货代公司未办理退税的行为存在法律风险。

一. 工厂未开票给货代公司的法律风险

1. 违反税收法规：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条，纳税人销售货物或者应税劳务，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票。工厂未开票给货代公司，可能违反了这一规定，面临税务部门的处罚。
2. 影响货代公司权益：货代公司作为购买方，有权要求工厂开具增值税专用发票，以便进行正常的财务处理和税务申报。工厂未开票，可能导致货代公司无法入账或无法进行正常的税务处理，进而影响其合法权益。

二. 货代公司未办理退税的法律风险

1. 可能构成逃税：如果货代公司明知工厂未开票且自己未办理退税，可能被视为逃税行为。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是逃税。逃税行为将面临税务部门的严厉处罚。
2. 影响企业信誉：货代公司未办理退税，可能导致其税务记录不良，进而影响企业的信誉和声誉。在商业合作中，企业的信誉和声誉是非常重要的，一旦受损，可能影响未来的业务合作和发展。

我建议：工厂应依法开具增值税专用发票给货代公司，货代公司也应按照税收法规的要求办理退税手续。如双方存在争议或纠纷，应及时沟通协商，并寻求法律途径解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。