当合同对方否认签署合同时，您可以采取以下措施来维护自身权益：
收集证据：
- 聊天记录与邮件：保留与对方就合同事宜进行的所有聊天记录、邮件往来，这些能间接证明合同关系的存在及双方对合同内容的认可。
- 交易凭证：收集交易过程中的发货单、收货单、付款凭证等，这些能证明合同的实际履行情况。
- 其他间接证据：如合同履行过程中的照片、视频、录音等，只要与合同相关且能证明合同关系的，均可作为证据。
申请司法鉴定：
- 笔迹鉴定：若合同上有对方的签字，可申请对签字进行司法鉴定，以确认签字的真实性。鉴定结果若能证明签字为对方所签，则将成为有力的直接证据。
- 盖章鉴定：若合同上盖有对方的公章或合同专用章，同样可申请对印章进行鉴定，以确认印章的真实性。
提起诉讼：
- 举证责任：根据“谁主张，谁举证”的原则，您需承担证明合同成立的举证责任。因此，在提起诉讼前，务必确保已收集到充分的证据。
- 诉讼流程：向有管辖权的人民法院提起诉讼，提交起诉状及证据材料。法院将根据双方提供的证据及鉴定结果等依法作出判决。
- 可能后果：若证据充分，法院将认定合同的效力，并要求对方按合同履行义务；若证据不足，您则可能承担不利后果，如败诉或无法获得预期的赔偿。
法律背景与建议：
- 合同效力：根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同自成立时生效。因此，只要合同内容合法且双方意思表示真实，合同即具有法律效力。
- 证据收集：在合同纠纷中，证据的收集至关重要。务必在合同履行过程中及纠纷发生后及时收集、保存相关证据，以免因证据不足而承担不利后果。
- 专业咨询：在处理合同纠纷时，若您对法律程序或证据收集等方面存在疑问，建议及时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议。
可能遇到的法律后果：
- 若证据充分：法院将认定合同的效力，并要求对方按合同履行义务。若对方拒不履行，您可申请强制执行。
- 若证据不足：您可能面临败诉的风险，无法获得预期的赔偿或无法要求对方按合同履行义务。因此，务必在提起诉讼前确保已收集到充分的证据。
举例说明：
假设您与某公司签订了一份买卖合同，但对方在合同履行过程中否认签署过该合同。此时，您可收集与对方就合同事宜进行的聊天记录、邮件往来、发货单、收货单及付款凭证等证据。同时，若合同上有对方的签字或盖章，您还可申请对签字或盖章进行司法鉴定。在收集到充分证据后，您可向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求对方按合同履行义务。若法院认定合同的效力并判决对方履行义务，而对方拒不履行，您还可申请强制执行以维护自身权益。