若强奸罪案件中对方不承认，司法机关不会仅凭其口供定案，而是会依据其他证据来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
证据审查与定案
被害人陈述：虽然对方不承认，但被害人的陈述对于了解案发经过至关重要。司法机关会详细审查被害人的陈述，看其是否合理、一致，并与其他证据相互印证。
现场勘查笔录：司法机关会审查现场勘查笔录，寻找与强奸行为相关的痕迹物证，如毛发、体液等生物样本。这些物证能够直接证明犯罪行为的发生。
被害人衣物检查：检查被害人衣物上是否有撕扯痕迹等，这些痕迹能够证明被害人在案发时是否遭受了暴力或胁迫。
视听资料：如果案发现场或周边有监控摄像头，司法机关会查看是否存在视听资料，如监控拍到案发情况等。这些资料能够直接证明犯罪行为的发生和过程。
其他证据：除了上述证据外，司法机关还会收集其他可能的证据，如证人证言、双方的聊天记录、通话录音等。这些证据能够从不同角度证明犯罪行为的发生和被告人的罪责。
若这些间接证据形成完整的证据链，能排除合理怀疑，即便对方不承认，也可认定其构成强奸罪。
证据不足时的处理
如果对方不承认且证据不足，司法机关通常不会轻易定罪。依据《中华人民共和国刑事诉讼法》，定罪需达到事实清楚，证据确实、充分的标准。在此情况下：
侦查机关继续侦查：侦查机关应继续侦查，收集能证明犯罪事实的证据，如寻找新的证人证言、提取DNA等物证。
检察院不起诉决定：若侦查终结后仍证据不足，检察院可作出不起诉决定。
法院无罪判决：若已提起公诉，法院应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
对被害人的建议
配合侦查机关：被害人应积极配合侦查机关的工作，提供更多线索和证据，以便司法机关能够更准确地认定事实。
寻求法律援助：被害人可以寻求法律援助，咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何在司法过程中维护自己的合法权益。
心理辅导与权益保障：强奸罪案件对被害人的心理和身体都会造成极大的伤害。被害人应关注自己的心理健康，及时寻求心理辅导。同时，社会也应给予被害人足够的关怀和支持，确保其在整个司法过程中能得到应有的权益保障。
特殊情况下的处理
在一些特殊情况下，如存在身体损伤、反抗迹象等，这些也能为认定强奸罪提供有力支撑。司法机关会综合审查全案证据，包括被害人的身体损伤情况、案发现场的反抗迹象等，以准确认定事实。
强奸罪是严重刑事犯罪，即便当事人不承认，司法机关也会依其他证据定案。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议。