结论前置：在给对方单位盖对账函发现金额不符时，应通过规范、严谨的方式处理，避免引发法律风险。以下从实务操作和法律风险防控角度，分情况说明具体处理方式：

1. 金额不符的确认与沟通

• 书面确认差异：首先应通过书面形式（如邮件、函件）与对方单位核对差异金额，明确差异原因（如计算错误、未入账项目、合同条款理解分歧等）。
  
• 留存沟通记录：所有沟通记录需留存，避免口头协商导致后续举证困难。若对方承认差异，可要求其出具书面说明或修正对账函。

2. 对账函的修改与签署

• 修正对账函内容：若双方确认金额存在差异，应重新出具修正后的对账函，明确标注“原对账函作废”及修正后的金额，并由双方盖章确认。
  
• 注明差异原因：在对账函中简要说明差异原因（如“因XX项目未入账，修正后金额为XX”），避免未来因金额争议产生纠纷。

3. 法律风险防控要点

• 避免单方修改：未经对方确认，不得单方修改对账函金额或内容，否则可能构成对合同条款的擅自变更，引发违约风险。
  
• 明确责任划分：若差异因对方过错导致（如未及时提供发票、重复记账），可在对账函中注明责任方，并保留追偿权利。
  
• 时效性要求：根据《民法典》合同编，对账差异需在合理期限内提出，逾期可能视为认可对方金额，丧失主张权利的机会。

4. 特殊情况处理

• 对方拒不修正：若对方拒绝修正对账函且金额差异较大，可暂停后续合作，并通过律师函正式催告，必要时提起诉讼或仲裁。
  
• 涉及第三方：若差异因第三方（如银行、物流）导致，需联合对方共同向第三方追责，并保留相关证据。

实务建议：对账函是确认债权债务的重要法律文件，金额不符时务必通过书面形式固定证据，避免因操作不规范导致权利受损。如有复杂情况，可直接向我咨询具体处理方案。