有涉密资质的公司分公司员工，在符合一定条件下，是可以备案为涉密人员的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、涉密人员备案的基本条件
涉密人员备案通常需要满足一定的条件，这些条件可能包括但不限于：
身份与职责：员工需为公司正式员工，且其工作职责涉及国家秘密或企业商业秘密。对于分公司员工而言，如果其工作性质与总公司涉密业务紧密相关，且符合涉密岗位的要求，那么他们就有可能被备案为涉密人员。
背景审查：员工需通过严格的背景审查，包括政治素质、道德品质、个人诚信等方面的考察。这是确保涉密人员可靠性和忠诚性的重要环节。
保密培训：员工需接受保密培训，了解并掌握保密法律法规和保密技能。这是提升涉密人员保密意识和能力的重要途径。
二、分公司员工备案的特殊性
对于有涉密资质的公司的分公司员工而言，备案为涉密人员可能涉及一些特殊性：
资质与权限：分公司需具备相应的涉密资质，且其员工在总公司授权范围内从事涉密工作。这意味着分公司员工备案为涉密人员，需得到总公司的认可和授权。
管理归属：虽然分公司员工在物理上可能隶属于分公司，但在涉密人员管理上，可能仍需遵循总公司的相关制度和流程。这有助于确保涉密人员管理的统一性和规范性。
三、实际操作中的注意事项
在实际操作中，有涉密资质的公司分公司员工备案为涉密人员时，还需注意以下几点：
明确职责与权限：需明确分公司员工在涉密工作中的具体职责和权限，避免出现职责不清、权限不明的情况。
加强沟通与协调：分公司与总公司之间需加强沟通与协调，确保涉密人员备案工作的顺利进行。这包括及时传递相关信息、共同制定备案方案等。
遵守法律法规：在备案过程中，需严格遵守国家保密法律法规和企业内部保密制度，确保备案工作的合法性和合规性。
四、可能的法律后果
如果分公司员工未经授权或不符合条件而擅自备案为涉密人员，可能会面临以下法律后果：
行政处罚：根据相关法律法规，违规备案涉密人员可能会受到行政处罚，如罚款、警告等。
法律责任：如果因违规备案导致国家秘密或企业商业秘密泄露，相关责任人可能会承担法律责任，包括刑事责任和民事责任。
建议：有涉密资质的公司在进行分公司员工涉密人员备案时，应严格按照相关法律法规和企业内部制度进行操作，确保备案工作的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。