针对您提出的“双方都对青苗补偿款有争议，政府会怎么处理补偿款”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

在征收土地过程中，如果双方（即土地所有权人或使用权人与征地方）对青苗补偿款存在争议，政府通常会按照以下步骤进行处理：

一、调解阶段

首先，争议双方可以向征地主管部门投诉，并由县级以上地方人民政府进行调解。这一阶段的目的是通过沟通协商，尝试达成双方都能接受的补偿方案。政府会依据相关法律法规和政策，结合实际情况，提出合理的调解建议。

二、裁决阶段

如果调解不成，即双方无法就补偿款达成一致意见，那么根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》的规定，应该由批准征收土地的人民政府作出裁决。裁决过程中，政府会综合考虑土地类型、土地年产值、土地区位登记、农用地等级、人均耕地数量、土地供求关系、当地经济发展水平和城镇居民最低生活水平保障等因素，以及双方提供的证据和理由，作出公正的裁决。

三、实施阶段

需要特别注意的是，根据相关法律法规，征地补偿、安置争议并不影响征收土地方案的实施。也就是说，即使双方对补偿款存在争议，政府仍然会按照既定的征收土地方案进行实施。不过，政府会确保在征收土地的各项费用（包括青苗补偿款）自征地补偿、安置方案批准之日起3个月内全额支付给相关权利人。

四、补偿标准的确定

至于征地补偿标准（包括青苗补偿标准）的确定，它通常是在市镇行政区的土地根据政府总体规划确定的用地范围内，依据多种因素综合计算得出的。这些因素包括土地类型、土地年产值、土地区位登记、农用地等级、人均耕地数量、土地供求关系、当地经济发展水平和城镇居民最低生活水平保障等。

综上所述，当双方对青苗补偿款存在争议时，政府会先进行调解，调解不成则由批准征收土地的人民政府作出裁决。同时，征地补偿、安置争议并不影响征收土地方案的实施，政府会确保补偿款按时全额支付。希望这个解答能够帮助您更好地理解政府在处理青苗补偿款争议时的流程和原则。