房屋租赁合同证明（租赁凭证）开了没用，第二年是否还能申请学位，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
一、租赁凭证的有效期与学位申请的关系
租赁凭证的连续性：
- 根据深圳市龙华区教育局的回复，续签办理的《房屋租赁凭证》签发日期（盖章）与旧证截止有效日期间隔不能超过30天。这意味着，如果租赁凭证在有效期内续签，且新旧证之间的间隔符合规定，那么租赁凭证的连续性可以得到保障。
- 如果租赁凭证在第二年未能及时续签，或者新旧证之间的间隔超过了规定时间，那么可能会影响学位的申请。
学位申请的具体要求：
- 不同地区对于学位申请的具体要求可能有所不同。一般来说，申请学位需要提供有效的租赁凭证作为居住证明。
- 例如，深圳市罗湖区教育局要求，2024年申请学位的《红本租赁凭证》需在2023年4月30日前办理，且有效期到2024年9月30日之后。这表明，租赁凭证的有效期需要覆盖学位申请的时间段。
二、可能影响学位申请的因素
租赁凭证的过期：
- 如果租赁凭证在第二年已经过期，且未能及时续签，那么将无法作为有效的居住证明用于学位申请。
租赁凭证的变更：
- 如果在租赁期间，租赁合同发生了变更（如租客变更、租金调整等），且未能及时更新租赁凭证，那么也可能会影响学位的申请。
地区政策差异：
- 不同地区对于学位申请的政策可能存在差异。因此，在申请学位前，需要了解当地的具体政策要求。
三、建议与措施
及时续签租赁凭证：
- 为了确保租赁凭证的连续性，建议在租赁凭证到期前及时续签，并确保新旧证之间的间隔符合规定。
了解当地政策：
- 在申请学位前，需要了解当地的具体政策要求，包括租赁凭证的有效期、申请时间等。
保留相关证据：
- 在租赁期间，建议保留好租赁合同、租金支付凭证等相关证据，以备不时之需。
举例说明：假设您在深圳市龙华区租赁了一套房屋，并办理了租赁凭证用于第一年的学位申请。在第二年，您需要及时续签租赁凭证，并确保新旧证之间的间隔不超过30天。同时，您需要了解龙华区对于第二年学位申请的具体要求，如租赁凭证的有效期是否需要覆盖整个学年等。如果一切符合要求，那么您就可以使用续签后的租赁凭证申请第二年的学位。
如果您在房屋租赁或学位申请方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。