在签订补偿协议后，关于被拆迁房屋的处理，这是一个涉及法律程序和权益保障的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，实施房屋征收应当先补偿、后搬迁。这意味着，只有在您作为被征收人拿到补偿并同意搬迁之后，相关部门才有权收回房屋。因此，在签订补偿协议后，您并不需要立即交出房屋，而是有权在协议约定的搬迁期限内进行搬迁。
接下来，我们分情况讨论被拆迁房屋的处理方式：
正常搬迁情况：
- 如果您在补偿协议约定的搬迁期限内完成了搬迁，那么相关部门将按照协议约定收回房屋，并进行后续的拆迁工作。
- 在此过程中，您应确保房屋内的个人财物已全部搬离，以免造成不必要的损失。
拒绝搬迁或未按时搬迁情况：
- 如果您拒绝搬迁或未在协议约定的搬迁期限内完成搬迁，相关部门不能直接采取强制拆除措施。
- 此时，双方应首先尝试通过协商解决问题。如果协商不成，相关部门可以依法向人民法院提起诉讼，请求法院判决您履行搬迁义务。
- 在诉讼期间，如果相关部门认为有必要，可以依法申请人民法院先予执行，但这一过程需要严格遵循法律程序。
非法强拆情况：
- 如果相关部门在未与您达成补偿协议或未按照协议约定进行补偿的情况下，采取暴力、威胁等非法手段强拆您的房屋，这是违法犯罪的行为。
- 您有权向当地公安机关报案，并依法向人民法院提起行政诉讼，要求相关部门承担赔偿责任，并追究相关责任人员的法律责任。
特别提醒：
- 在签订补偿协议时，请务必仔细阅读协议条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果对协议内容有疑问或不满，应及时与相关部门沟通协商，或寻求专业法律人士的帮助。
- 一旦签订协议，就应按照协议约定履行自己的义务，避免因违约而引发不必要的法律纠纷。
综上所述，签订补偿协议后被拆迁房屋的处理方式取决于您是否按照协议约定进行搬迁。在正常情况下，您应按照协议约定的搬迁期限完成搬迁；如果拒绝搬迁或未按时搬迁，相关部门将通过法律途径解决问题；如果遭遇非法强拆，您应依法维护自己的合法权益。