竞争性磋商过程中，将二次报价放在标书里这一做法本身并不直接违反法律规定，但关键在于二次报价的时机和方式是否符合竞争性磋商的规则和程序。以下是对此问题的详细分析：
一、二次报价的合法性基础
在竞争性磋商过程中，二次报价是常见的做法。它通常发生在专家和采购单位根据供应商提供的标书，对商务报价、技术指标及售后服务做出评判之后，要求供应商进行二次报价。这一做法的目的是为了进一步控制成本，确保采购活动的经济性和效率性。因此，从合法性的角度来看，二次报价本身并不违法。
二、二次报价的时机和方式
时机：二次报价应当在竞争性磋商的适当阶段进行，通常是在对供应商的初步报价进行评审后，根据评审结果要求供应商进行二次报价。如果二次报价的时机不当，比如在一次报价前就要求二次报价，或者在一次报价后未经评审就直接要求二次报价，都可能违反竞争性磋商的规则和程序。
方式：二次报价应当以明确、规范的方式提出，并确保所有参与竞争的供应商都有平等的机会进行报价。如果二次报价的方式不公平、不透明，比如只允许部分供应商进行二次报价，或者二次报价的信息未向所有供应商公开，都可能构成违法行为。
三、将二次报价放在标书里的考虑
合规性：如果竞争性磋商的规则和程序允许将二次报价放在标书里，并且这种做法能够确保二次报价的时机和方式符合规定，那么这种做法就是合规的。然而，这通常不是常规做法，因为二次报价往往是在对初步报价进行评审后，根据评审结果提出的。
风险性：将二次报价放在标书里可能存在一定的风险。一方面，它可能违反竞争性磋商的规则和程序，导致报价无效或采购活动被撤销。另一方面，它可能引发其他供应商的质疑和投诉，影响采购活动的顺利进行。
四、建议
遵循规则和程序：在进行竞争性磋商时，应当严格遵循相关的规则和程序，确保二次报价的时机和方式符合规定。
保持透明和公平：二次报价应当以透明、公平的方式进行，确保所有参与竞争的供应商都有平等的机会进行报价。
咨询专业人士：如果您对竞争性磋商的规则和程序不熟悉，或者对二次报价的时机和方式有疑问，建议咨询专业的法律人士或采购专家，以确保您的行为符合法律规定和采购要求。
如果有任何关于竞争性磋商或公司法务方面的疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。