结论：在水保方案中，种植基地土地整治是否算占地面积，需结合整治目的、方式及与项目整体关系综合判断，不能一概而论。以下分情况详细说明：

1. 若土地整治仅为改善种植条件，未改变土地用途或增加实际占用面积
   例如，对现有种植基地进行翻耕、平整、土壤改良等，目的是提升土壤肥力或排水能力，但未扩大种植范围或改变土地性质（如仍为耕地）。此时，土地整治行为本身不直接构成新增占地面积，因为土地的实际占用范围和用途未发生变化。但需注意，若整治过程中涉及临时堆放物料、占用周边土地，则临时占用部分应计入占地面积。

2. 若土地整治涉及土地用途变更或扩大占用范围
   例如，将原有非种植用地（如荒地、未利用地）整治为种植基地，或通过填埋、挖方等方式扩大种植面积。此时，整治后的土地面积应计入占地面积，因为土地的实际占用状态和用途已发生改变。根据《水土保持法》及相关规定，任何改变土地用途或扩大占用面积的行为，均需在方案中明确标注并履行审批手续。

3. 若土地整治与主体工程紧密相关，作为附属设施存在
   例如，在种植基地内修建灌溉渠道、排水沟、机耕路等附属设施。根据《生产建设项目水土保持技术标准》，附属设施的占地面积通常需纳入主体工程占地面积计算。但若附属设施为临时性（如施工便道），且在项目结束后会恢复原状，则可能不计入最终占地面积，但需在方案中单独说明。

建议：

• 在编制水保方案时，应明确土地整治的具体内容、范围及目的，并附上现场照片或图纸，以便审批部门准确判断是否计入占地面积。
  
• 若涉及土地用途变更或扩大占用，需提前办理用地审批手续，避免因程序违法导致方案被否决。
  
• 如有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体项目情况提供法律意见。