政府可以以超过起诉期限为由进行抗辩，但能否成功需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、起诉期限的基本规定
在行政诉讼中，起诉期限是一个重要的法律概念，它规定了公民、法人或其他组织在认为行政行为侵犯其合法权益时，应在多长时间内提起诉讼。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。对于涉及不动产的行政行为，如土地征收补偿，起诉期限可能有所不同，但通常也遵循类似的时效原则。
二、超过起诉期限的法律后果
法院不予受理或驳回起诉：
- 如果农村集体在知道或应当知道政府作出土地征收补偿决定后，未在法定期限内提起诉讼，且没有法定事由（如不可抗力或其他正当理由）导致逾期，那么当农村集体后续提起诉讼时，法院可能会以超过起诉期限为由不予受理或驳回起诉。
政府抗辩的有效性：
- 在此类案件中，政府作为被告，有权以原告超过起诉期限为由进行抗辩。如果法院认定原告确实超过了起诉期限，且没有法定事由，那么政府的抗辩将会得到支持，原告的诉讼请求将被驳回。
三、特殊情况下的起诉期限延长
不可抗力或其他正当理由：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十八条的规定，公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。如果农村集体能够证明其因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由（如政府行为导致无法及时起诉）而耽误了起诉期限，那么其起诉期限可能会得到延长。
法律规定的特殊情形：
- 在某些特殊情况下，法律可能规定了更长的起诉期限或允许在特定条件下延长起诉期限。例如，对于涉及重大公共利益的行政行为，法律可能会给予更长的起诉期限以保障公众的参与权。但这种情况较为罕见，且需要具体法律条文的支持。
四、法律建议
及时行使诉权：
- 农村集体在知道或应当知道政府作出土地征收补偿决定后，应尽快咨询专业律师并准备提起诉讼，以避免超过起诉期限。
保留证据：
- 农村集体应妥善保留与土地征收补偿相关的所有证据，包括政府文件、通知、公告等，以便在诉讼中证明自己的权益受到侵犯。
关注法律动态：
- 农村集体应关注相关法律法规的更新和变化，以便及时了解自己的权利和义务。
如果您在农村集体主张土地征收补偿款的过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。