农村自建房周边妨碍排除一般不适用诉讼时效的规定。以下从不同角度为您详细分析：

法律原则角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，请求停止侵害、排除妨碍、消除危险的请求权不适用诉讼时效的规定。这是因为此类请求权关乎权利人现有权利的维护保障。对于农村自建房而言，其周边环境应保持适宜居住的状态，若存在妨碍（如邻居违规搭建影响采光、通风，或者堆放杂物阻碍通行等），物权人有权要求排除妨碍，以保障其对房屋的正常使用和物权的圆满状态。若适用诉讼时效，可能导致物权人因时效经过而无法排除他人妨碍，使物权处于不稳定状态，有悖于物权保护的初衷。所以，无论妨碍行为持续多久，物权人都可随时请求排除妨碍。

实际案例角度

假设某村民在农村自建房居住多年，邻居突然在其房屋周边搭建了一个简易棚屋，严重影响了该村民房屋的采光和通风。这种情况下，该村民作为物权人，无论从何时开始知道或应当知道这一妨碍行为，都有权随时要求邻居拆除棚屋，排除妨碍，不受诉讼时效期间的限制。因为这是对其物权正常行使的保障，若因时效问题而无法排除妨碍，显然对物权人不公平。

特殊情况说明

虽然排除妨碍请求权一般不适用诉讼时效，但在某些特殊情况下，如果妨碍行为伴随着其他侵权行为（如故意损坏房屋周边设施等），对于因侵权行为造成的损害赔偿请求，则可能适用诉讼时效的规定。普通诉讼时效期为三年，从权利人知晓或应当知晓权利受损害及义务人之日起算。不过，这并不影响排除妨碍请求权本身的行使，物权人仍可随时要求排除妨碍，只是在请求损害赔偿时需要注意诉讼时效的问题。

建议：当您面临农村自建房周边妨碍的情况时，应及时收集相关证据（如照片、视频、证人证言等），以证明妨碍行为的存在和对您造成的影响。然后，可以与妨碍方进行协商，要求其排除妨碍。如果协商无果，您可以向当地的人民调解委员会申请调解，或者直接向人民法院提起诉讼，要求排除妨碍。在整个过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见和支持。