针对您提出的问题，即被告人名下有一辆登记在他人名下的车，现在由其儿子驾驶，我们首先需要明确的是，车辆的实际所有权与登记所有权可能存在不一致的情况，这主要取决于购车时的资金来源、购车协议等实际因素。以下是从不同角度给出的分析和建议：
车辆所有权归属：
- 若车辆实际为被告人购买：尽管车辆登记在他人名下，但如果购车款由被告人支付，且有相关证据（如转账记录、购车协议等）证明，那么从法律上讲，车辆的实际所有权可能仍归属于被告人。在这种情况下，若车辆被用于犯罪活动或作为犯罪工具，可能会受到法律的追查。
- 若车辆为他人所有：如果车辆确实属于他人所有，且被告人只是借用或允许其儿子使用，那么车辆本身与被告人无直接所有权关系。但被告人仍需注意，若其儿子使用车辆进行违法活动，被告人可能因知情不报或协助而承担一定的法律责任。
法律后果与风险：
- 若车辆涉及犯罪：无论车辆所有权归属如何，如果车辆被用于犯罪活动（如运输违禁品、作为犯罪工具等），车辆本身可能被依法扣押或没收。同时，车辆的使用者（即被告人的儿子）以及可能知情或协助的被告人，都可能面临刑事责任的追究。
- 民事责任：如果车辆在使用过程中造成他人损害（如交通事故），且被告人或其儿子存在过错，那么根据《民法典》的相关规定，他们可能需要承担相应的民事赔偿责任。
建议与措施：
- 明确车辆所有权：首先，应尽快通过法律手段明确车辆的实际所有权归属，以避免因所有权不清而引发的法律纠纷。
- 规范车辆使用：无论车辆所有权如何，都应规范车辆的使用，确保不用于违法活动。同时，应教育并监督被告人的儿子遵守交通法规，避免交通事故的发生。
- 咨询专业律师：鉴于此类问题的复杂性，建议尽快咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略，降低法律风险。
在处理此类问题时，务必保持谨慎和合法性。如果车辆确实涉及法律纠纷或犯罪活动，应积极配合相关部门的调查，并寻求专业法律帮助以维护自身权益。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请直接向我咨询。