合作协议被人代按手印，其效力需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
本人追认的情况：
- 如果您对代按手印的行为予以追认，比如事后通过书面、口头等形式明确表示认可该协议内容，那么该协议通常是有效的。因为这表明您自愿受协议约束，代按手印的行为在您的追认下获得了法律效力。
存在合法委托授权的情况：
- 如果您事先存在合法的委托授权，即您明确授权他人在一定范围内代您按手印，那么代理人在授权范围内代按的手印，该协议也具有法律效力。这种情况下，代理人的行为可视为您的行为，协议对您产生约束力。
未经本人同意且未追认，也不存在合法授权的情况：
- 如果代按手印事先未经您同意，事后您又不追认，同时也不存在合法授权，那么该协议的效力可能存在争议。在司法实践中，法庭会综合考量各种因素，如协议签订的背景、双方的交易习惯、是否存在欺诈胁迫等情形，来判定协议是否有效。如果法庭认为代按手印的行为构成了欺诈、胁迫或其他非法手段，那么该协议可能会被认定为无效。
法律建议：
- 及时沟通：如果您发现合作协议被人代按了手印，首先应与对方进行沟通，了解代按手印的具体情况和原因。
- 收集证据：如果可能的话，收集相关证据，如聊天记录、邮件、证人证言等，以证明您对代按手印行为的态度（是否追认）以及是否存在合法授权。
- 寻求法律帮助：如果您对协议的效力存在疑虑，或者认为代按手印的行为侵犯了您的权益，建议及时咨询专业律师，了解您的法律权利和可能的救济途径。
可能的法律后果：
- 如果协议被认定为有效，您可能需要按照协议内容履行相关义务。
- 如果协议被认定为无效或可撤销，您可能不需要履行协议义务，甚至有权要求对方承担因协议无效或可撤销而给您造成的损失。
为了避免类似情况的发生，建议您在签订合作协议时，务必亲自签字并按手印，以确保协议的效力确定性。如果确实需要委托他人代为办理，应确保存在合法的委托授权，并明确授权范围和期限。