结论：村书记在本村合作社开拖拉机挣工资是否合法，需结合具体情况判断，主要从其身份与职责、合作社性质及工资性质三个角度分析。

1. 村书记身份与职责角度
   村书记作为村党组织负责人，主要职责是领导村级事务、推动集体发展等，通常不直接参与生产经营活动。若其兼任合作社职务（如理事长、经理等），且该职务经合法程序选举或任命，同时合作社章程允许其从事具体工作并领取报酬，则可能合法。但若村书记未经合法程序，擅自以合作社员工身份领取工资，可能涉嫌利用职务便利谋取私利，违反《村民委员会组织法》中关于村干部廉洁自律的规定。

2. 合作社性质角度
   若合作社为村集体所有（如村集体经济合作社），村书记作为集体经济组织成员，参与合作社劳动并领取工资，需满足两个条件：一是工资标准经成员大会或成员代表会议审议通过，符合集体经济组织财务管理制度；二是其劳动内容与合作社经营直接相关（如驾驶拖拉机进行农业生产）。若合作社为农民专业合作社（非村集体所有），村书记作为普通成员参与劳动并领取工资，原则上合法，但需确保其未利用村书记职务影响合作社决策或分配。

3. 工资性质角度
   工资需为合法劳动所得。若村书记实际提供了拖拉机驾驶服务，且工资标准与市场水平相当，未超出合理范围，则合法。但若工资明显高于市场价，或以“工资”名义变相发放补贴、福利，可能涉嫌侵占集体资产或违反财经纪律，需承担相应责任。

建议：

• 村书记应避免直接参与合作社具体经营，若需兼职，应通过合法程序明确职务、职责及报酬标准；
  
• 合作社应完善内部治理结构，确保工资发放透明、合规；
  
• 若存在争议，可向乡镇政府或农业农村部门反映，由其调查核实。
  

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