关于农民工实名制登记的责任主体问题，这通常是由工程建设领域的多个相关单位共同协作来完成的，但主要责任可以明确到几个关键角色上。

首先，建设单位在招标文件和工程承包合同、监理合同中需要明确实施实名制管理的要求，并监督项目各参建单位开展实名制管理。这意味着建设单位在项目启动阶段就承担了推动实名制管理的重要责任。

其次，施工总承包单位（总包单位）对所承接工程项目的农民工实名制管理负总责。总包单位需要制定本单位的农民工实名制管理制度，并承担施工现场农民工实名制管理的具体职责。这包括配备必要的软硬件设施设备，如进出场门禁系统，通过电子打卡等方式实施全员实名制考勤管理，并将采集的实名制考勤、工资支付等数据及时、准确、完整地上传至劳动用工大数据平台。

再者，分包单位对其招用的农民工实名制管理负直接责任。分包单位需要配合总包单位做好相关工作，确保所招用的农民工都进行了实名制登记，并按照规定进行考勤和工资支付管理。

此外，属地行业工程建设主管部门或属地人力资源社会保障部门（在行业主管部门不明确的项目中）也扮演着重要角色。它们负责在贵州省劳动用工大数据综合服务平台上登记项目信息，实现“项目全入库”，并对实名制管理进行监管和预警。

概括起来，农民工实名制登记的责任主体主要包括建设单位、施工总承包单位、分包单位以及属地行业工程建设主管部门或人力资源社会保障部门。这些单位共同协作，确保农民工实名制管理的有效实施，从而维护农民工的劳动报酬权益，遏制新增欠薪问题。