刑事案件中程序不合法，通常不能保证实体权利。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、程序合法与实体权利的关系
在刑事诉讼中，程序合法是确保实体权利得到公正实现的重要保障。程序合法意味着诉讼活动遵循了法律规定的步骤、方式和时限，确保了当事人的诉讼权利得到充分行使，也保证了司法机关的裁判活动在公正、透明的环境下进行。如果程序不合法，那么实体权利的实现就可能受到严重影响，甚至导致实体权利的丧失。
二、程序不合法对实体权利的具体影响
证据收集与采信：
- 程序不合法可能导致证据收集不合法，如非法搜查、扣押等，这些证据在法庭上可能被排除，从而影响对案件事实的认定，进而影响实体权利的实现。
- 即使证据本身真实可靠，但如果收集程序不合法，也可能导致证据不被采信，使得原本应得到保护的实体权利无法得到实现。
当事人诉讼权利的行使：
- 程序不合法可能剥夺或限制当事人的诉讼权利，如未告知当事人有权申请回避、未给予当事人充分的陈述和申辩机会等，这些都会影响当事人对实体权利的主张和保护。
- 当事人诉讼权利的行使是保障实体权利实现的重要手段，如果程序不合法导致这些权利无法行使，那么实体权利的实现也就无从谈起。
司法裁判的公正性：
- 程序不合法可能影响司法裁判的公正性。如果诉讼程序存在瑕疵或违法，那么裁判结果可能受到质疑，甚至导致裁判被撤销或改判。
- 司法裁判的公正性是实体权利得到公正实现的基础，如果裁判不公正，那么实体权利也就无法得到公正保护。
三、程序不合法的法律后果
证据排除：
- 根据法律规定，非法证据应当予以排除，不得作为定案的根据。这意味着如果程序不合法导致证据收集不合法，那么这些证据在法庭上将无法被采信，从而影响对案件事实的认定和实体权利的实现。
程序性制裁：
- 对于程序不合法的行为，法律可能规定相应的程序性制裁措施，如宣告诉讼行为无效、撤销原判等。这些制裁措施旨在纠正程序不合法行为，保障诉讼活动的公正性和合法性。
国家赔偿：
- 如果程序不合法导致当事人实体权利受到损害，且符合国家赔偿法的规定，那么当事人有权申请国家赔偿。国家赔偿是对程序不合法行为造成损害的一种救济方式。
四、建议与措施
严格遵守诉讼程序：
- 司法机关和当事人应严格遵守诉讼程序的规定，确保诉讼活动的合法性和公正性。这有助于保障实体权利的实现，避免程序不合法带来的不利后果。
加强程序监督：
- 应加强对诉讼程序的监督力度，确保诉讼活动在法定程序下进行。对于程序不合法的行为，应及时予以纠正和处理。
提高法律意识：
- 当事人应提高法律意识，了解自己的诉讼权利和义务，积极行使诉讼权利，维护自己的实体权利。同时，也应尊重诉讼程序的规定，避免因程序不合法而损害自己的实体权利。
遇到刑事案件程序不合法的情况，一定要及时采取措施进行纠正和处理，以保障实体权利的实现。如果您在刑事案件中遇到程序不合法的问题，或者对实体权利的保护有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。