不定时工时制与综合工时制的主要差异体现在定义、适用对象、工作时间计算方式、加班规定以及审批与管理等多个方面，以下是对这些差异的详细阐述：
一、定义与适用对象
不定时工时制：
- 定义：指因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需机动作业的职工所采用的工时制度。
- 适用对象：主要适用于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工；长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊需机动作业的职工；其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系适合实行不定时工作制的职工。
综合工时制：
- 定义：指分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同的工时制度。
- 适用对象：交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊需连续作业的职工；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
二、工作时间计算方式
不定时工时制：
- 不存在严格意义上的“工作时间”，员工可以根据工作需要灵活安排工作时间。
- 员工每日的工作时间可能超过8小时，每周的工作时间也可能超过40小时，但不受标准工时的限制。
综合工时制：
- 以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间。
- 在一个周期内，员工的总工作时间应不超过该周期内法定标准工作时间的总和（如以周为周期，则一周的总工作时间不应超过40小时）。
三、加班规定
不定时工时制：
- 由于不存在标准工时，因此不存在延长工作时间加班、休息日加班和法定节假日加班的概念。
- 但用人单位在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，可以采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
综合工时制：
- 在综合计算周期内，如果员工的实际工作时间超过了法定标准工作时间的总和，则超出部分视为延长工作时间，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资报酬。
- 如果是在法定节假日安排工作的，无论整个周期内的工作时间总和是否超过法定标准，都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资报酬。
四、审批与管理
不定时工时制：
- 企业实行不定时工作制，必须经劳动保障部门审批。
- 用人单位应建立完善的不定时工时管理制度，明确员工的工作职责和工作要求，确保员工能够合理安排工作时间和休息时间。
综合工时制：
- 同样需要经过劳动保障部门的审批。
- 用人单位应根据实际情况制定具体的综合计算工时方案，包括计算周期、工作时间分配、加班管理等，并向员工公示。
总结与建议：
企业在选择工时制度时，应充分考虑自身的生产特点、工作性质以及员工的需求和权益。不定时工时制更适合那些工作性质特殊、需要机动作业的岗位，而综合工时制则更适合那些需要连续作业或受季节和自然条件限制的岗位。同时，无论选择哪种工时制度，企业都必须严格遵守相关法律法规及审批程序，确保合法合规地实施特殊工时制度。对于员工而言，也应了解并适应所选工时制度的要求和特点，合理安排工作和休息时间，保障自身的合法权益和工作效率。
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