当书记员表示案件事实不清楚时，这通常意味着案件在证据收集或事实认定上存在不足，需要进一步的工作来查清事实。针对这种情况，可以从刑事诉讼和民事诉讼两个角度来分析和处理：
一、刑事诉讼角度
退回补充侦查：
- 若案件已进入审判阶段，但法院发现案件事实模糊、证据不足，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，法院可能会将案件退回检察院。
- 检察院在收到退回的案件后，会按照既定程序进行深入调查，搜集新的证据，以查清全案事实。
- 补充侦查的期限通常为一个月，且以二次为限。若经过二次补充侦查后，检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
自行侦查或要求公安机关提供证据：
- 检察院在审查案件时，若认为需要补充侦查，也可以自行进行侦查，或者要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。
- 若检察院认为可能存在以非法方法收集证据的情形，还可以要求公安机关对证据收集的合法性作出说明。
二、民事诉讼角度
要求当事人进一步提供证据：
- 在民事诉讼中，若法官认为事实认定存在困难，可能会要求相关当事人进一步提供证据支持其主张。
- 当事人应积极主动地收集和整理有利于自身的证据材料，如合同、交易记录、证人证言等，以便有力地证实自己的观点和假设。
法官依职权调查取证：
- 除了要求当事人提供证据外，法官还可以根据职权主动展开调查取证工作。
- 法官可能会要求相关机构或个人提供与案件有关的证据材料，或者进行现场勘查、询问证人等。
三、通用建议
全面、客观、合法地收集证据：
- 无论是刑事诉讼还是民事诉讼，解决案件事实不清问题的关键在于全面、客观、合法地收集证据资料。
- 证据是还原案件真相的基础，只有收集到充分、确凿的证据，才能准确地认定案件事实。
积极配合司法机关的工作：
- 在案件处理过程中，当事人应积极配合司法机关的工作，如按时出庭、提供证据材料、接受询问等。
- 当事人的配合程度往往会影响案件的处理效率和结果。
寻求专业法律帮助：
- 若当事人对案件处理流程或法律适用存在疑问，可以寻求专业律师的帮助。
- 律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
当遇到书记员表示案件事实不清楚的情况时，不必过于慌张。应根据案件所处的诉讼阶段（刑事或民事），积极配合司法机关的工作，全面、客观、合法地收集证据资料，并寻求专业法律帮助以更好地维护自己的权益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。