农村宅基地使用权证上登记的合法面积400平方米是受法律保护的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律保护的基础

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。若您所在地区的省级政府规定宅基地面积上限为400平方米或更高，且您的宅基地使用权证上明确登记了400平方米的面积，那么这部分面积就是合法的，并受到法律的保护。

二、合法面积的认定

1. 地区差异：宅基地面积的标准因地区而异，不同省份、自治区、直辖市可能根据当地实际情况制定不同的标准。因此，400平方米是否合法，首先取决于您所在地区的具体规定。

2. 登记确认：宅基地使用权证是确认宅基地使用权和面积的重要法律文件。如果您的使用权证上明确登记了400平方米的面积，且该面积未超过当地规定的上限，那么这部分面积就是合法的。

三、可能存在的风险及应对

1. 超标风险：如果400平方米超过了您所在地区规定的宅基地面积上限，那么超出的部分可能不受法律保护，甚至可能面临被收回或处罚的风险。在这种情况下，建议您及时与当地土地管理部门沟通，了解相关政策，并考虑进行宅基地面积的调整或分割。

2. 权属争议：即使宅基地使用权证上登记了400平方米的面积，也可能存在权属争议的情况。例如，与邻居之间的边界纠纷、继承问题等。在这种情况下，您可能需要通过法律途径来解决争议，如提起民事诉讼或申请行政复议等。

四、建议与措施

1. 核实规定：首先，建议您核实所在地区关于宅基地面积的具体规定，确保您的宅基地面积未超过当地上限。

2. 保护证件：妥善保管宅基地使用权证，这是确认您宅基地使用权和面积的重要法律文件。

3. 及时咨询：如果您对宅基地面积、权属等问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或当地土地管理部门，以获取准确的法律意见和解决方案。

总结来说，农村宅基地使用权证上登记的合法面积400平方米，在符合当地规定的前提下，是受法律保护的。但您也需要注意可能存在的风险，并采取相应的应对措施。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。