三级按摩师在医院从事按摩工作是否合法，需从多个角度进行分析：
资质与执业范围：
- 三级按摩师作为具备一定专业技能的人员，其执业范围通常受限于其获得的资质证书。若该证书明确允许在医院等医疗机构从事按摩工作，且按摩师已按照相关规定进行注册或备案，则其在此类场所工作是合法的。
- 若三级按摩师的资质证书未明确允许在医院执业，或未按照相关规定进行注册/备案，则可能面临非法执业的风险。这取决于当地卫生行政部门对按摩师执业范围的具体规定。
医院的管理与规定：
- 医院作为医疗机构，有其内部的管理规定和执业标准。若医院允许三级按摩师在其内部从事按摩工作，并为其提供了相应的执业环境和条件，且按摩师的工作符合医院的执业要求，则其工作是合法的。
- 若医院禁止非本院员工或未具备特定资质的人员从事按摩工作，而三级按摩师仍在此类场所工作，则可能违反医院的规定，甚至面临法律责任。
法律法规的遵循：
- 无论三级按摩师在何处从事按摩工作，都必须遵循相关的法律法规，如《中华人民共和国执业医师法》（虽主要针对医师，但按摩师等医疗相关人员也需遵循医疗行业的通用法规）、《医疗机构管理条例》等。这些法规对医疗人员的资质、执业范围、执业行为等都有明确规定。
- 若三级按摩师的工作违反了相关法律法规，如未取得合法资质而从事医疗活动，则可能面临行政处罚甚至刑事责任。
建议与注意事项：
- 三级按摩师在从事按摩工作前，应仔细了解并确认自己的资质证书是否允许在医院等医疗机构执业，以及是否需要按照相关规定进行注册或备案。
- 在选择工作场所时，应了解并遵守医院的管理规定和执业标准，确保自己的工作符合医院的要求。
- 无论在何处工作，都应严格遵循相关的法律法规，确保自己的执业行为合法合规。
若三级按摩师对自身的执业范围或法律法规有疑问，建议直接咨询当地卫生行政部门或专业律师，以获取准确和权威的解答。同时，若在工作中遇到任何法律问题或纠纷，也可以随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。