有按摩师证书行医是否合法，需分情况讨论：

1. 单纯提供按摩推拿服务：

   • 若按摩师仅在合法经营场所内，依据按摩师资格证书提供保健或缓解身体疲劳的按摩推拿服务，不构成非法行医。因为单纯的按摩推拿属于保健范畴，不涉及医疗行为，只要从业者具备相应资质并在合法场所操作即可。

2. 从事医疗行为：

   • 若按摩师在未取得医师资格的情况下，开展诸如诊断疾病、开具处方、进行针灸等具有医疗性质的操作，则构成非法行医。医疗行为需要专业的医学知识和医师资格，非医师进行此类行为属于违法行为，可能面临法律责任。

法律背景：

• 根据相关法律法规，从事医疗行为必须取得相应的医师资格。按摩师证书仅证明其具备按摩推拿的专业技能，并不等同于医师资格。因此，按摩师在提供服务时，必须明确自己的服务范围，避免越界从事医疗行为。

法律建议：

• 按摩师应严格遵守自己的资质范围，仅提供与按摩师资格证书相符的服务。
• 若按摩师有意从事医疗行为，应首先考取医师资格，确保合法行医。
• 消费者在选择按摩服务时，也应了解从业者的资质和服务范围，避免接受非法医疗行为。

可能的法律后果：

• 若按摩师非法行医，可能面临行政处罚，如罚款、吊销证书等。
• 若非法行医行为导致消费者健康受损，按摩师还可能承担民事赔偿责任，甚至面临刑事责任。

综上所述，有按摩师证书行医是否合法，取决于其是否从事医疗行为。单纯提供按摩推拿服务是合法的，但从事医疗行为则必须取得医师资格。