在政府采购项目质疑期间，甲方与被质疑单位签订合同，这一行为是否合规，需结合具体情况分析，但通常情况下，这种行为可能存在合规风险。以下从不同角度进行详细分析：

1. 质疑期间合同签订的合规性风险

在政府采购过程中，如果供应商对采购过程或结果提出质疑，采购人（甲方）通常应暂停相关采购活动，直至质疑得到妥善处理。这是为了确保采购过程的公平、公正和透明，避免因处理不当而引发的法律纠纷。

• 若质疑未解决即签订合同：在质疑期间，如果甲方未经充分调查或未等待质疑处理结果，就与被质疑单位签订合同，这可能违反政府采购的相关规定。这种行为可能被视为对质疑的忽视或不当处理，从而引发其他供应商的不满或法律纠纷。
• 合规性要求：根据政府采购的法律法规，采购人在处理质疑时，应确保程序的公正性和透明度。在质疑未得到妥善解决前，签订合同可能不符合这些要求。

2. 可能引发的法律后果

• 合同效力问题：如果合同签订行为被认定为违规，该合同可能面临被宣告无效或撤销的风险。这将导致合同双方需要重新协商或面临法律纠纷。
• 行政责任：甲方可能因违规行为而面临行政处罚，如警告、罚款等。这将影响甲方的声誉和未来的采购活动。
• 民事责任：如果因违规签订合同给其他供应商造成损失，甲方可能需要承担民事赔偿责任。

3. 合规建议

• 暂停采购活动：在质疑期间，甲方应暂停与被质疑单位的相关采购活动，直至质疑得到妥善处理。
• 充分调查与沟通：甲方应对质疑进行充分调查，并与质疑方进行沟通，以了解质疑的具体内容和依据。
• 遵循法定程序：在处理质疑时，甲方应严格遵循政府采购的法律法规和法定程序，确保处理结果的公正性和透明度。
• 咨询专业律师：如果甲方对质疑处理或合同签订存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取合规的法律建议。

4. 特殊情况下的合规性

当然，也存在一些特殊情况，如质疑事项与合同签订无直接关联，或甲方在签订合同前已获得充分证据证明被质疑单位无违规行为等。在这些情况下，甲方签订合同可能被视为合规。但即便如此，甲方也应谨慎行事，确保所有程序均符合法律法规的要求。

结论与建议：

在政府采购项目质疑期间，甲方与被质疑单位签订合同的行为通常存在合规风险。为避免潜在的法律纠纷和行政责任，甲方应暂停相关采购活动，直至质疑得到妥善处理。如果甲方对质疑处理或合同签订存在疑问，可以直接向我咨询，以获取合规且专业的法律建议。