若合同期三年但备注日期超过了合同约定的终止日期，需分情况处理：

1. 合同条款存在笔误或日期计算错误
   若备注日期超过三年系因书写错误（如将“2024年12月31日”误写为“2025年12月31日”），且双方实际履行中均按三年期限执行，可协商签订补充协议明确正确日期，或通过书面确认函修正错误条款。根据《民法典》第147条，若存在重大误解，当事人可请求法院或仲裁机构撤销合同，但需在知道撤销事由后90日内行使权利。

2. 合同实际履行期限超出约定
   若双方已按超过的日期实际履行（如续签口头协议、持续支付对价），且未提出异议，可能构成对原合同期限的变更。根据《民法典》第543条，当事人协商一致可变更合同。此时需留存履行证据（如付款记录、工作成果交付记录），以证明双方对期限变更达成合意。

3. 单方主张期限无效或要求终止
   若一方以“备注日期超过三年”为由主张合同无效或提前终止，需审查合同是否违反法律强制性规定。若合同内容合法，仅期限标注错误，法院可能以实际履行情况认定有效期限。但若超过期限部分涉及非法利益（如超出行政许可期限），则超出部分可能被认定无效。

建议行动步骤：

• 立即核对合同原文、补充协议及履行记录，明确日期差异原因；
  
• 与对方协商签订书面修正文件，避免口头约定的举证风险；
  
• 若协商不成，可依据《民法典》第510条，通过诉讼或仲裁确认合同实际期限。
  

风险提示：
期限条款直接影响合同权利义务的存续时间，若未及时修正，可能导致一方主张对方违约（如未在原定期限内完成义务），或引发续约谈判被动。建议优先通过书面形式固定双方真实意思表示。