针对您提出的“过追诉期的砂石案件怎么追回违法所得”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即使案件已经过了追诉期，对于犯罪分子的违法所得，法律仍然规定应当依法予以追缴。这是为了维护法律的公正性和权威性，确保被害人的合法权益得到保护，同时防止犯罪分子因时效问题而逃避对违法所得的制裁。

一、法律依据

1. 《中华人民共和国刑法》第六十四条：该条款明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。这一规定为追缴违法所得提供了明确的法律依据，且该责任独立于刑事追诉，不受追诉时效的限制。

2. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条：虽然该条款规定犯罪已过追诉时效期限的不追究刑事责任，但追缴违法所得作为另一种法律责任，并不受此限制。

二、追缴范围

追缴的范围主要包括：

• 犯罪分子通过犯罪手段直接获得的财物及其产生的收益；
• 被害人的合法财产，这部分财产在追缴后应及时返还给被害人；
• 违禁品和供犯罪所用的本人财物，这些应予以没收。

三、追缴方式及程序

1. 启动违法所得没收程序：

   • 针对贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，若犯罪嫌疑人、被告人逃匿或死亡，并满足特定条件（如通缉一年后不能到案），可启动该程序。
   • 由人民检察院向人民法院提出没收违法所得的申请，由犯罪地或嫌疑人居住地的中级人民法院审理。
   • 法院受理申请后发出公告，公告期为六个月。利害关系人有权申请参加诉讼，法院将依据证据进行审理。

2. 民事诉讼途径：

   • 若犯罪行为导致被害人物质损失，被害人可通过民事诉讼要求返还违法所得。即使刑事案件因追诉期不再追究，民事权利仍有效。
   • 操作流程包括收集证据，向有管辖权的人民法院提起诉讼，法院根据证据和法律进行判决。

3. 行政途径：

   • 对于违反行政法规的违法行为，行政机关有权追缴违法所得。
   • 处理程序涉及调查取证、作出行政处理决定，并可能采取强制执行措施。

4. 常规追缴方式：

   • 通过查封、扣押、冻结等方式对违法所得进行追查和收缴。
   • 若违法所得已被挥霍或无法足额追缴，应责令犯罪分子退赔。

四、后续处理

• 追缴回的违法所得，属于被害人的合法财产应及时返还。
• 其他财物原则上应予以没收，并上缴国库，以确保不被犯罪分子利用。

综上所述，无论砂石案件是否已过追诉期，对于犯罪分子的违法所得，法律均规定了明确的追缴程序和方式。这既体现了对被害人权益的保护，也彰显了法律的严肃性和公正性。如果您在具体操作过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关法律机构。