针对出租车司机被乘客打且证据不清楚，住院后被诊断为脑震荡的情况，以下是从法律角度给出的全面分析和处理建议：
一、法律责任分析
乘客的法律责任：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果乘客的行为构成故意伤害，且达到轻伤以上后果，乘客可能面临刑事责任的追究。脑震荡作为伤情，其严重程度需通过法医鉴定来确定是否构成轻伤或重伤。
- 即便不构成刑事犯罪，乘客的行为也可能违反《中华人民共和国治安管理处罚法》，面临行政处罚，如拘留、罚款等。
出租车司机的权益：
- 出租车司机作为受害者，有权要求乘客承担民事赔偿责任，包括医疗费、误工费、护理费等因伤害产生的合理费用。
二、证据收集与固定
医疗证据：
- 出租车司机应妥善保存所有与脑震荡治疗相关的医疗记录、诊断证明、费用单据等，这些是证明伤害事实和计算赔偿金额的重要依据。
现场证据：
- 尽管证据可能不清楚，但出租车司机应尽可能回忆并记录事件发生的经过，包括时间、地点、乘客特征、打斗过程等，这些信息有助于后续调查和证据收集。
- 如果有目击者，应尽快联系并获取其证言，目击者的陈述可能成为关键证据。
报警与调查：
- 出租车司机应立即报警，并配合警方的调查工作。警方会进行现场勘查、询问当事人和目击者、调取监控录像等，以收集更多证据。
三、处理建议
协商解决：
- 在证据收集阶段，出租车司机可以尝试与乘客或其家属进行协商，看是否能就赔偿事宜达成一致。协商时，应明确列出所有因伤害产生的费用，并要求乘客承担相应责任。
法律途径：
- 如果协商无果，出租车司机应考虑通过法律途径解决。可以委托律师向法院提起民事诉讼，要求乘客承担民事赔偿责任。
- 在诉讼过程中，律师会帮助出租车司机整理证据、撰写诉状、参与庭审等，以维护其合法权益。
关注伤情鉴定：
- 出租车司机应尽快进行伤情鉴定，以确定脑震荡的严重程度。伤情鉴定结果将直接影响乘客是否构成刑事犯罪以及民事赔偿的金额。
四、注意事项
保持冷静与理智：
- 在处理此类事件时，出租车司机应保持冷静与理智，避免与乘客发生进一步冲突或采取过激行为。
及时咨询律师：
- 鉴于法律程序的复杂性和专业性，出租车司机应及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
针对您的情况，我建议您首先确保自己的安全，并尽快收集和固定相关证据。同时，考虑与乘客进行协商或寻求法律途径解决。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请直接向我提问，我将竭诚为您提供专业的法律服务。