结论：甲方（部队）因您电话请假而罚款2万元的行为，其合法性需结合具体情况判断，但通常情况下，该罚款行为可能缺乏合法依据。

1. 罚款的合法性基础

• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位（包括部队作为甲方）对员工进行罚款，必须有明确的法律法规依据或劳动合同、规章制度中的合法约定。若部队内部规章制度或您与部队签订的劳动合同中未明确规定“电话请假需罚款2万元”的条款，则该罚款行为可能缺乏合法基础。
• 合理性审查：即便规章制度中有相关规定，罚款的金额也需合理，不得过分高于实际损失或违反公平原则。2万元的罚款对于一次电话请假而言，可能显得过高，缺乏合理性。

2. 部队作为特殊主体的考量

• 内部管理规定：部队作为特殊主体，其内部管理可能遵循更为严格的纪律规定。然而，这些规定仍需符合国家法律法规的基本原则，不得侵犯员工的合法权益。
• 纪律处分与罚款的区别：部队可能对违反纪律的行为进行纪律处分（如警告、记过等），但罚款作为一种经济处罚，需有明确的法律依据或合同约定。

3. 您的权利与应对措施

• 权利主张：若您认为该罚款行为不合法或不合理，您有权要求部队提供罚款的法律依据或合同约定，并有权拒绝支付不合理的罚款。
• 协商与投诉：您可以先与部队进行协商，寻求合理解决方案。若协商无果，您可以向部队的上级机关或相关劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。
• 法律途径：若上述途径均无法解决问题，您还可以考虑通过法律途径（如劳动仲裁或诉讼）来维护自己的权益。

4. 建议与注意事项

• 保留证据：在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据（如罚款通知、劳动合同、规章制度等），以便在需要时提供证明。
• 及时咨询：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议您在处理此类纠纷时及时咨询专业律师（如我），以获取更具体、更专业的法律建议。

总结：甲方（部队）因您电话请假而罚款2万元的行为，在缺乏明确法律依据或合同约定的情况下，可能不合法。您有权要求部队提供罚款的合法依据，并有权拒绝支付不合理的罚款。若遇到此类问题，建议您及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。