当案件超过诉讼时效，且被告拒绝履行时，法院的处理方式会依据相关法律规定及案件具体情况来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：

一、立案受理阶段

首先，需要明确的是，法院在立案时不会主动审查是否超过诉讼时效。只要您的起诉符合民事诉讼法规定的立案条件，如存在明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由等，法院就会受理您的案件。这一点在《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百一十九条中有明确规定。

二、审理阶段

进入审理阶段后，法院的处理方式会根据被告是否提出诉讼时效抗辩而有所不同：

1. 被告提出时效抗辩

   • 如果被告在诉讼中以您的诉讼请求超过诉讼时效为由提出抗辩，并且法院经审理查明该抗辩事由成立，那么法院会判决驳回您的诉讼请求。这是因为，根据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条第一款，诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

   • 但是，也存在一些特殊情形可能导致诉讼时效中断、中止或延长，如不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等原因导致不能行使请求权。如果您能够证明存在这些法定事由，诉讼时效可能未届满，法院会继续审理案件。

2. 被告未提出时效抗辩

   • 如果被告未提出诉讼时效抗辩，法院不会主动适用诉讼时效规定进行裁判。这是根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条的规定。在这种情况下，法院会正常审理案件，并根据案件事实和证据作出裁判。

三、上诉阶段

如果您在一审期间未提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出，人民法院一般不予支持。但是，如果基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间，法院会对该证据进行审查。若属实，则可能支持您的抗辩。

四、特殊情况处理

• 特定约定或法律特别规定：在某些情况下，虽然案件超过了诉讼时效，但如果当事人之间存在特定的约定或者法律另有特别规定，法院可能会根据这些约定或规定来处理案件。

• 自愿履行义务：如果被告在诉讼过程中自愿履行了义务，即使超过了诉讼时效，法院也会认可其效力。并且，被告事后不得以诉讼时效期间届满为由要求返还。

五、总结与建议

在处理超过诉讼时效的案件时，法院会严格依法进行审查和处理，以确保法律的公正性和权威性。因此，作为原告，在提起诉讼前应仔细了解相关法律法规和司法解释的规定，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。

同时，我也建议您在诉讼过程中注意收集并保留相关证据，以证明您的诉讼请求的合理性和合法性。如果被告提出诉讼时效抗辩，您应积极应对，提供证据证明存在诉讼时效中断、中止或延长的特殊情况。

最后，如果您对诉讼时效问题或案件处理过程有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或法律机构。