在商事仲裁中，一般不能将合同双方以外的公司作为被申请人。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
仲裁协议与当事人范围
仲裁协议的相对性：
- 仲裁协议是合同双方约定将争议提交仲裁解决的书面协议，具有相对性。这意味着仲裁协议仅对签署该协议的双方具有约束力，不能约束合同以外的第三方。
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁机构受理仲裁申请的前提是存在有效的仲裁协议，且仲裁协议应当明确约定仲裁事项和选定的仲裁委员会。若合同双方以外的公司未签署仲裁协议，则仲裁机构无权将其列为被申请人。
当事人适格性：
- 在商事仲裁中，当事人适格性是指当事人是否具备作为仲裁案件主体的资格。通常，只有签署仲裁协议的合同双方才具备适格性。
- 若试图将合同双方以外的公司作为被申请人，可能会面临当事人不适格的问题，导致仲裁申请被驳回。
可能的例外情况
第三方加入仲裁程序：
- 在某些特殊情况下，如第三方与合同双方存在密切的法律关系（如担保人、共同债务人等），且合同双方及第三方均同意将争议提交仲裁解决，那么第三方可能被允许加入仲裁程序。
- 但这种情况需要合同双方及第三方的明确同意，并通常需要签署补充仲裁协议或修改原仲裁协议。
法律规定的特殊情形：
- 在某些特定法律关系中，如消费者权益保护、反垄断等，法律可能规定特定的争议解决方式或允许将非合同方纳入争议解决程序。
- 然而，这些情形通常具有明确的法律规定和适用范围，并不普遍适用于所有商事仲裁案件。
法律建议与风险提示
审查仲裁协议：
- 在提起商事仲裁前，务必仔细审查仲裁协议的内容，确保其明确约定了仲裁事项、选定的仲裁委员会以及当事人范围。
- 若发现仲裁协议存在瑕疵或不明确之处，应及时与合同对方协商修改或补充协议。
考虑其他争议解决方式：
- 若无法将合同双方以外的公司作为被申请人进行仲裁，可以考虑通过诉讼等其他争议解决方式来维护自身权益。
- 在选择争议解决方式时，应综合考虑各种因素，如效率、成本、执行力度等。
寻求专业法律帮助：
- 商事仲裁涉及复杂的法律问题和程序要求，建议寻求专业律师的帮助以确保自身权益得到充分保障。
- 作为专业律师，我可以为你提供全面的法律咨询和代理服务，帮助你妥善解决商事仲裁中的问题。
总结来看，在商事仲裁中，一般不能将合同双方以外的公司作为被申请人。这主要源于仲裁协议的相对性和当事人适格性的要求。然而，在特定情况下，如第三方加入仲裁程序或法律规定的特殊情形，可能存在例外。在处理此类问题时，建议仔细审查仲裁协议、考虑其他争议解决方式，并寻求专业法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。