仅凭母亲和儿子做了亲属关系证明，以及父亲和母亲有结婚证，并不能直接证明儿子和父亲的关系。以下从不同角度进行分析：
亲属关系证明的局限性
亲属关系证明，通常用于证明特定个体之间的血缘或法律关系，如父母与子女、兄弟姐妹等。然而，这种证明往往具有局限性，它只能证明证明文件上所列明的个体之间的关系。在你所描述的情况下，母亲和儿子的亲属关系证明，仅能证明他们两人之间的母子关系，并不能直接延伸到父亲和儿子之间的关系。
结婚证的法律意义
结婚证是证明夫妻之间法律关系的文件。它证明了父亲和母亲之间存在合法的婚姻关系，但并不能直接证明父亲和儿子之间的父子关系。结婚证只能说明父亲和母亲是夫妻，而不能说明他们与儿子之间的具体关系。
证明父子关系的有效方式
要证明父亲和儿子之间的关系，通常需要以下几种方式之一或组合：
出生证明：儿子的出生证明上通常会列明父母的名字，这是证明父子关系最直接和有效的文件。
户口本：在中国，户口本是记录家庭成员关系的重要文件。如果父亲和儿子在同一户口本上，且户口本上明确标注了父子关系，那么这也可以作为证明。
DNA鉴定：在无法通过其他文件证明父子关系的情况下，DNA鉴定是一种科学且准确的方法。通过比较父亲和儿子的DNA样本，可以确定他们之间是否存在生物学上的父子关系。
特殊情况下的考虑
在某些特殊情况下，如父母离异、再婚等，证明父子关系可能会变得更加复杂。此时，除了上述的证明方式外，可能还需要提供法院判决书、再婚证明等相关文件，以全面证明父子关系。
建议：如果你需要证明父亲和儿子之间的关系，建议首先查找并整理相关的证明文件，如出生证明、户口本等。如果这些文件不足以证明关系，或者存在争议，可以考虑进行DNA鉴定。在处理此类问题时，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。