关于建设工程案件鉴定费的分担问题，这是一个涉及法律程序与费用承担原则的复杂议题。以下，我将从鉴定费用的基本原则、诉讼中的具体判定、仲裁中的处理原则以及特殊情况的处理等几个方面，为您详细解析。

一、鉴定费用承担的基本原则

1. 双方协商确定： 根据《诉讼费用交纳办法》及相关法律规定，当事人有权通过协商来确定鉴定费用的承担主体。若双方在建设工程合同中已明确约定了司法鉴定费用的承担方式，那么应严格按照合同约定来执行。

2. 谁主张，谁先行垫付： 在建设工程纠纷中，通常由申请鉴定的一方当事人先行垫付鉴定费用。这是处理鉴定费用问题的基本出发点，旨在确保鉴定程序的顺利进行。

二、诉讼中的具体判定原则

1. 鉴定结果支持申请方主张： 如果鉴定结果支持了申请鉴定一方的主张，那么鉴定费用通常由败诉方（即责任方）承担。这一原则体现了“责任与费用相匹配”的法治精神，确保了鉴定费用的合理分担。

2. 鉴定结果不支持申请方主张： 若鉴定结果与申请鉴定一方的预期不符，则申请方可能需要自行承担鉴定费用。这既是对申请方谨慎提出鉴定申请的提醒，也是对司法资源的合理利用，避免了不必要的浪费。

3. 双方均有责任的按比例分担： 当鉴定结果表明双方当事人对纠纷的发生均有一定责任时，法院会根据双方的责任大小，按照一定的比例来确定双方分担鉴定费用的数额。这一原则确保了费用的公平分配，体现了法律的公正性。

三、仲裁中的处理原则

在建设工程仲裁案件中，仲裁庭会参照诉讼中的判定原则，结合案件的实际情况来确定鉴定费用的承担方。同样会考虑申请方的主张是否得到支持、双方的责任大小等因素，并据此作出裁决。仲裁庭在裁决时，会力求确保鉴定费用的承担既符合法律法规的要求，又体现公平合理的原则。

四、特殊情况的处理

如双方当事人在合同中有特别约定，或存在其他特殊情况（如双方均无明显过错但纠纷仍无法避免），则应根据合同的约定或实际情况来灵活处理鉴定费用的承担问题。例如，双方可以约定在特定情况下共同承担鉴定费用，或者根据纠纷的性质和原因来协商确定费用的分担方式。

总结与建议

建设工程司法鉴定费用的承担问题并非一成不变，而是需要根据具体情况进行细致分析。在处理此类问题时，应首先考虑双方当事人的约定；在无约定或约定不明的情况下，则需根据诉讼或仲裁程序中的相关规定及实际情况来判定。

建议：

1. 在进行建筑工程司法鉴定前，当事人应与鉴定机构详细沟通，明确费用标准和支付方式，以避免后续纠纷。
2. 鉴于鉴定费用受多种因素影响（如鉴定项目的复杂程度、工作量、鉴定机构的资质和知名度、地区差异等），建议当事人咨询当地司法鉴定机构或相关部门以获取最准确的报价和费用说明。
3. 在处理鉴定费用分担问题时，当事人应咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导，确保自身权益得到妥善保护。