继续经营已被法院判决拆除的厂房是违法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律判决的效力
法院判决是具有法律效力的文书，一旦判决生效，即具有强制执行力。对于判决拆除的厂房，意味着该厂房已被法律认定为应当拆除的对象，继续经营显然违反了法院的判决。
二、违法行为的后果
行政处罚：根据相关法律法规，对于违反法院判决的行为，相关部门有权进行行政处罚，如罚款、责令停产停业等。
刑事责任：在极端情况下，如果继续经营的行为严重扰乱了社会秩序或造成了其他严重后果，相关责任人还可能承担刑事责任。
民事赔偿：如果继续经营导致他人权益受损，如环境污染、噪音扰民等，相关责任人还需承担民事赔偿责任。
三、合法合规的建议
立即停产：在收到法院判决后，应立即停止厂房的经营活动，避免进一步违法。
积极拆除：按照法院判决的要求，积极组织拆除工作，确保厂房按时、按质拆除。
法律咨询：在拆除过程中，如有任何法律疑问或需要协助，应及时咨询专业律师，确保拆除工作的合法性和合规性。
四、特殊情况的处理
如果认为法院的判决存在错误或不当之处，可以通过合法途径进行申诉或申请再审，但在申诉或再审期间，仍应遵守法院的判决，不得擅自继续经营或拒绝拆除。
总结与建议：
继续经营已被法院判决拆除的厂房是违法的，可能面临行政处罚、刑事责任以及民事赔偿等严重后果。因此，建议您立即停产并积极组织拆除工作，同时如有任何法律疑问或需要协助，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。