非营运车辆被抓后，处理方式主要依据《中华人民共和国道路运输管理条例》的相关规定进行。以下是对此问题的详细解答：

首先，当非营运车辆被运管部门抓获时，县级以上道路运输管理机构会责令该车辆立即停止经营行为。这是为了维护道路运输市场的秩序，防止未取得许可的车辆擅自从事营运活动。

接下来，对于违法所得的处理，若该非营运车辆在从事非法营运活动中有违法所得，道路运输管理机构会依法没收这些违法所得。并且，根据违法所得的金额，还会对车辆所有人或经营者处以罚款。具体罚款标准如下：

• 如果违法所得在2万元以上，罚款金额为违法所得的2倍至10倍；
• 如果违法所得不足2万元或者没有违法所得，罚款金额则为3万元至10万元。

此外，如果非营运车辆从事非法营运活动的行为构成犯罪，那么还将依法追究相关责任人的刑事责任。这意味着，除了经济处罚外，还可能面临刑事处罚，如拘役、有期徒刑等。

值得注意的是，各地在执行这些规定时可能会有所差异。如果车辆所有人或经营者对处罚决定不服，可以在规定的时间内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，非营运车辆被抓后，应立即停止经营行为，并接受道路运输管理机构的调查和处理。根据违法所得的金额和情节严重程度，可能会面临罚款、没收违法所得以及刑事责任等处罚。如果不服处罚决定，可以通过法律途径进行申诉。