针对您提出的问题，关于劳动能力初次鉴定结论公司不服是否可以提出再次鉴定，以及员工不配合时应该如何处理，以下是我为您提供的详细解答：
一、公司对初次劳动能力鉴定结论不服，是否可以提出再次鉴定？
是的，公司可以对初次劳动能力鉴定结论提出再次鉴定申请。根据相关规定，如果公司或员工对初次劳动能力鉴定结论存在异议，可以在自收到初次鉴定结论之日起15日内，向省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。这是法律赋予的救济程序，旨在通过更高级别的鉴定机构复核，确保鉴定结果的准确性和公正性。
二、再次鉴定的申请流程是怎样的？
提出申请：公司需在规定时间内（自收到初次鉴定结论之日起15日内）向省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会提交再次鉴定申请。
提交材料：申请时，公司需要提交初次鉴定结论原件及复印件、身份证明（如公司营业执照、法定代表人身份证明等）以及其他可能需要的证据材料，如病历、检查报告等，以支持自己的主张。
等待鉴定：省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会在收到申请后，会对申请材料进行审核。如果材料齐全且符合要求，将组织专家进行重新鉴定，并作出最终结论。该结论具有法律效力，各方当事人应当遵守。
三、员工不配合再次鉴定怎么办？
如果员工不配合再次鉴定，公司可以采取以下措施：
沟通协商：首先，公司可以尝试与员工进行沟通，解释再次鉴定的必要性和重要性，争取员工的理解和配合。
提供证据：如果员工仍然不配合，公司可以在申请再次鉴定时，尽可能提供充分的证据来支持自己的观点，如初次鉴定结论中的疑点、员工的工作表现记录等。
法律途径：如果员工的不配合行为严重影响了再次鉴定的进行，且公司认为有必要通过法律途径解决，可以考虑咨询专业律师，了解是否可以通过法律手段要求员工配合鉴定，或者就鉴定结论的争议提起行政复议或行政诉讼（但需注意，这并非直接针对员工不配合的行为，而是针对鉴定结论本身或鉴定过程中的行政行为）。
四、注意事项
时间限制：务必在规定的时间内（自收到初次鉴定结论之日起15日内）提出再次鉴定申请，逾期则可能丧失再次鉴定的机会。
提供证据：在申请再次鉴定时，要尽可能提供充分的证据来支持自己的观点，以增加再次鉴定成功的可能性。
遵循程序：严格按照规定的程序和要求进行操作，避免因程序不当而影响鉴定结果。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。