法院会受理此类案件。在合同纠纷中，只要满足法律规定的起诉条件，法院就会受理。针对您提出的问题，即原告自己单方违约，被告按合同扣除违约金后，原告起诉被告，我们可以从以下几个角度进行详细分析：

一、法院受理合同纠纷的前提条件

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，要想起诉合同纠纷并得到法院的受理，必须满足以下条件：

1. 原告资格合法：原告必须是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织。在此案例中，原告是认为被告扣除违约金行为不当的合同一方当事人。

2. 被告明确：原告需要明确指出违约的对方当事人是谁，并提供足够的信息以便法院能够确定被告的身份。在此案例中，被告是按合同扣除违约金的合同另一方当事人。

3. 诉讼请求具体且有事实依据：原告需提出具体的诉讼请求，即要求被告返还被扣除的违约金或确认被告扣除违约金的行为不当，并阐述被告违约（如果存在）或原告认为被告扣除违约金行为不当的事实及理由。

4. 属于法院管辖范围：合同纠纷属于平等主体之间的民事纠纷，必须属于人民法院受理民事诉讼的范围。同时，合同纠纷的当事人可以根据合同约定选择管辖法院，没有约定的，则由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

二、原告起诉被告的可能情形及法律后果

1. 原告单方违约，被告按合同扣除违约金：

   • 如果合同中明确约定了单方违约时违约金的支付方式和数额，且被告扣除违约金的行为符合合同约定，那么原告起诉被告要求返还违约金可能不会得到法院的支持。
   • 如果合同中关于违约金的约定存在模糊或争议之处，或者被告扣除违约金的行为超出了合同约定的范围，那么原告起诉被告可能有一定的法律依据，法院会根据实际情况进行审理并作出裁决。

2. 原告起诉被告的法律后果：

   • 如果法院认定被告扣除违约金的行为合法合规，那么原告的诉讼请求将被驳回。
   • 如果法院认定被告扣除违约金的行为存在不当之处，如超出合同约定范围或违反法律规定，那么法院可能会判决被告返还部分或全部被扣除的违约金，并可能要求被告承担相应的诉讼费用。

三、特殊情形下的处理

在合同纠纷中，还存在一些特殊情形需要特别注意：

1. 合同无效或被撤销：如果合同本身被认定为无效或被撤销，那么合同中关于违约金的条款可能也会失效。但即便如此，如果一方存在过错并给对方造成损失，另一方仍可以基于过错责任要求赔偿损失。

2. 违约金数额的调整：在审理过程中，如果当事人提出违约金过高或过低的抗辩，法院会根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，以实际损失为基础，综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，对违约金进行适当调整。

四、提起诉讼时的注意事项

当事人在提起合同纠纷诉讼时，应当准备充分的证据材料，包括但不限于：

• 合同原文及附件，以证明双方之间的合同关系和违约金条款的存在；
• 违约行为（如果存在）或被告扣除违约金行为不当的确切证明；
• 计算损失赔偿额（如果要求被告赔偿损失）的依据。

总结与建议：

只要满足法律规定的起诉条件，法院就会受理合同纠纷案件。在实际操作中，当事人应当注意证据的收集和整理，以确保自己的权益得到有效维护。如果您作为原告认为被告扣除违约金的行为不当，可以依法向法院提起诉讼。同时，我也建议您在提起诉讼前咨询专业律师，以便更准确地评估案件胜诉的可能性并制定相应的诉讼策略。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。