“存疑时有利于被告人”原则在共犯案件中同样适用，但有其特定的适用条件和限制。以下是对这一问题的详细分析：
一、原则的基本内涵
“存疑时有利于被告人”原则，又称“疑罪从无”“疑罪从轻”原则，是刑事诉讼中的一项重要原则。它指的是在案件事实存在疑问，或者证据不足以明确证明被告人有罪或无罪、罪行轻重时，应当作出有利于被告人的裁决。这一原则体现了对被告人基本权利的尊重和保护，也是维护司法公正和诉讼经济的重要体现。
二、在共犯案件中的适用
罪责认定：
- 在共同犯罪中，如果无法查明各共同犯罪人的具体行为和责任，应依据存疑有利于被告原则，作出对被告人有利的推定。例如，在多人参与的抢劫案件中，若不能确定是谁实施了暴力威胁行为，则不能认定某个被告人实施了该加重情节的行为，只能按基本的抢劫犯罪处理。
证据采信：
- 对证据的真实性、关联性存在疑问，且该疑问无法通过其他证据排除时，不得将该证据作为对被告人不利的依据。这确保了判决的公正性和准确性，在共犯案件中尤为重要，因为共犯之间的行为往往相互交织，证据容易产生混淆。
部分犯罪嫌疑人行为存疑：
- 若共同犯罪中部分犯罪嫌疑人的行为存在疑问，而其他共犯的行为和责任能够明确认定，对于存疑部分的犯罪嫌疑人，应作出有利于他们的认定。例如，在共同贪污案件中，若能确定部分共犯实施了贪污行为及具体数额，但对某一嫌疑人是否参与某笔款项的贪污存疑，则该笔款项不应计入该嫌疑人的贪污数额。
犯罪情节存疑：
- 当共同犯罪中的某些犯罪情节无法查明时，应按有利于被告人的原则处理。如共同贩毒案件中，若无法确定毒品的具体数量，则应按照能够认定的最低数量对被告人进行量刑。
三、适用的限制
法律之疑不适用：
- 法律适用上的争议比较常见。对于法律之疑的解决，应当遵循法律解释方法、法律解释规则处理，而不应直接适用“存疑时有利于被告人”原则。如果遇到法律争议就做有利于被告人的解释，那么将破坏法律的统一性，动摇法治的根基。
不适用于对被告人有利的事实：
- 该原则仅适用于对被告人不利的事实，不适用于对被告人有利的事实。无罪推定的原理是指控被告人犯罪的事实都需要控方证明，如果不能提供确实充分的证据，就要推定被告人无罪。基此，对所有不利于被告人的存疑事实，都应该予以排除。但是，如果对有利于被告人的事实，适用“存疑有利于被告”原则，那么在逻辑上则是把有利于被告人的存疑事实推定为存在，这违背了证明的基本规则。
共同犯罪中的特定限制：
- 在共同犯罪中，对其中的部分犯罪事实查不清具体是哪个被告人所为时，不适用“存疑有利于被告”原则。而应对二被告人在整个犯罪过程中的地位、作用进行判断，从犯意提出、犯罪工具准备、选择作案对象、时间、地点、获利分赃等情况，判断哪个被告人的作用更大，然后按照主犯应对其所参与的或者组织的全部犯罪定罪处罚。
四、实践意义
“存疑时有利于被告人”原则在共犯案件中的应用，不仅保障了被告人的合法权益，防止了错误定罪和量刑，还维护了司法的公正性和权威性。同时，它也符合诉讼经济原则，避免了不必要的司法资源浪费。
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