针对您订了25000棵苗子并交了3000元定金，但现在苗子出现问题的情况，以下是我为您提供的详细处理建议：

一、保存相关证据

首先，您需要保存好所有与这次苗子交易相关的证据，包括但不限于：

1. 购苗合同或协议：如果有书面合同或协议，请务必妥善保管，这是证明您与销售商之间交易关系的重要文件。
2. 定金支付凭证：如银行转账记录、收据或发票等，证明您已经支付了定金。
3. 苗子问题证据：包括苗子的照片、视频，以及可能存在的专家鉴定报告或农业技术部门的意见，证明苗子确实存在问题。

二、与销售商协商

在保存好相关证据后，您应尽快与销售商取得联系，说明苗子存在的问题，并提出您的诉求，如要求更换苗子、退款或赔偿损失等。在协商过程中，保持冷静和理性，尽量通过友好方式解决问题。

三、申请第三方鉴定

如果与销售商协商不成，您可以考虑向当地农业技术部门或相关鉴定机构申请对苗子进行质量鉴定。鉴定结果将作为您后续维权的重要依据。

四、向相关部门投诉或申请调解

1. 投诉：如果销售商拒绝承担责任或协商无果，您可以向当地工商管理部门、农业主管部门或消费者协会投诉，反映您的情况并寻求帮助。
2. 申请调解：在相关部门的主持下，您可以与销售商进行调解。调解过程中，双方可以就赔偿金额、解决方案等进行协商，以达成和解。

五、考虑法律途径

如果通过上述方式仍无法解决问题，您可以考虑向人民法院提起诉讼。在起诉前，请确保您已经收集了足够的证据来支持您的诉求。法院将根据事实和法律规定，作出公正的判决。

六、参考类似案例

从您提供的参考信息中，我们可以看到一起类似的树苗纠纷案例。在该案例中，法院通过调解方式，考虑了双方的实际困难和情感因素，最终达成了和解。这提示我们，在处理类似纠纷时，除了依法维权外，还可以考虑通过调解等柔性方式解决问题。

七、预防措施

为了避免类似情况再次发生，建议您在未来的交易中：

1. 签订书面合同：明确双方的权利和义务，包括苗子的质量标准、交货时间、付款方式等。
2. 选择信誉好的销售商：在交易前对销售商进行充分的调查和了解，选择信誉好、口碑佳的销售商进行合作。
3. 加强验收环节：在收到苗子后，及时进行验收，确保苗子符合合同约定的质量标准。

希望以上建议能对您有所帮助。在处理这类纠纷时，请保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。