结论前置：

1. 有权离职：员工发现店长存在偷吃餐补等违反公司规定或职业道德的行为时，有权基于个人职业操守或对公司管理的不满选择离职。
2. 处理建议：在决定离职前，建议先通过内部渠道反映问题，若公司未妥善处理，再考虑离职，并注意保留相关证据以维护自身权益。

详细分析：

一、有权离职的角度

从劳动法的角度来看，员工享有自主选择职业的权利，这包括选择继续为某公司工作或离职。当员工发现店长存在偷吃餐补等不当行为时，这可能影响到员工对公司的信任度和工作满意度，进而成为员工选择离职的一个合理理由。员工离职并不需要以店长偷吃餐补为直接法律原因，但这一行为可能加剧了员工对公司管理的不满，从而促使员工做出离职决定。

二、处理建议的角度

1. 内部反映：

   • 在决定离职前，员工可以先尝试通过公司内部的投诉或举报机制来反映店长的问题。这有助于公司及时了解并纠正内部管理中的不当行为。
   • 员工应保留好相关证据，如餐补记录、监控视频等，以便在需要时提供给公司或相关部门进行查证。

2. 公司处理：

   • 公司应对员工的投诉或举报进行及时、公正的调查，并根据调查结果采取相应的处理措施，如警告、罚款、解雇等。
   • 如果公司未能妥善处理员工反映的问题，或者员工对公司的处理结果不满意，员工可以考虑进一步采取法律手段或选择离职。

3. 离职准备：

   • 如果员工决定离职，应提前与公司沟通并办理好离职手续，包括工作交接、薪资结算等。
   • 员工还可以考虑在离职前向公司提出书面意见或建议，以促进公司管理的改进。

4. 法律维权：

   • 如果店长偷吃餐补的行为涉及到违法或侵犯员工权益的情况（如贪污、挪用公款等），员工可以向相关部门进行举报或投诉。
   • 在必要时，员工还可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。