结论：在司法实践中，确实存在因扣押物证不规范而导致非法证据被排除的案例。这类案例主要涉及对“非法方法”的界定、对“严重程序违法”的标准分歧以及对证据合法性的审查等方面。以下从几个典型角度进行详细分析。

一、对“非法方法”界定模糊导致的排除案例

案例背景：侦查人员在扣押物证过程中，未按照法定程序进行，如未出示搜查证或扣押清单，或者采用威胁、引诱等非法手段获取物证。

法律分析：

• 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。虽然该条款直接提及的是供述和证言，但非法扣押物证同样可能因程序违法而被视为非法证据。
• 在实践中，若扣押物证时未遵循法定程序，且无法补正或作出合理解释，该物证可能被视为非法证据而予以排除。例如，侦查人员未出示搜查证即进入嫌疑人住所进行搜查并扣押物品，若无法提供合法搜查的依据，则扣押的物品可能被排除。

典型案例：

• 某案中，侦查人员在未出示搜查证的情况下，对嫌疑人住所进行搜查并扣押了与案件相关的物品。在庭审中，辩护律师提出扣押程序违法，要求排除该物证。法院经审理认为，扣押程序确实存在违法情形，且无法补正或作出合理解释，因此排除了该物证。

二、对“严重程序违法”标准分歧导致的排除案例

案例背景：在扣押物证过程中，存在程序瑕疵，如未及时制作扣押清单、未让见证人签字等。对于这些程序瑕疵是否构成“严重程序违法”，实践中存在分歧。

法律分析：

• 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条，收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。
• “严重程序违法”的判断标准在实践中存在争议。一些法院可能认为，只要程序瑕疵不影响证据的真实性和关联性，就不应排除；而另一些法院则可能认为，任何程序瑕疵都可能影响司法公正，因此应严格排除。

典型案例：

• 某案中，侦查人员在扣押物证时未及时制作扣押清单，且未让见证人签字。在庭审中，辩护律师提出扣押程序存在瑕疵，要求排除该物证。法院经审理认为，虽然扣押程序存在瑕疵，但并未严重影响司法公正，且该物证与案件事实具有关联性，因此未排除该物证。然而，在另一类似案例中，法院却以扣押程序存在严重违法为由，排除了相关物证。

三、对证据合法性审查不严导致的排除案例

案例背景：在审判阶段，法院对侦查阶段扣押的物证进行合法性审查时，未严格遵循法定程序或标准，导致非法证据未被及时排除。

法律分析：

• 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，法院在审判阶段应对证据的合法性进行审查。对于非法证据，应依法予以排除。
• 然而，在实践中，由于各种原因（如案件压力、证据复杂性等），法院可能对证据合法性的审查不够严格或全面，导致非法证据未被及时排除。

典型案例：

• 某案中，侦查人员在扣押物证时存在明显违法情形（如未出示搜查证、未制作扣押清单等）。在审判阶段，辩护律师提出扣押程序违法，要求排除该物证。然而，法院在审查时未严格遵循法定程序或标准，未对该物证的合法性进行充分审查，导致该非法证据被错误采纳。后来，在上诉或再审阶段，该非法证据被依法排除。

四、建议与总结

1. 严格遵循法定程序：侦查人员在扣押物证时，应严格遵循法定程序，确保扣押行为的合法性和规范性。
2. 加强证据合法性审查：法院在审判阶段应加强对证据合法性的审查，确保非法证据被及时排除。
3. 完善立法与司法解释：建议进一步完善相关立法和司法解释，明确“非法方法”、“严重程序违法”等概念的具体情形和判断标准，以减少实践中的分歧和争议。

总结：扣押物证不规范可能导致非法证据被排除。为了避免这种情况的发生，侦查人员应严格遵循法定程序进行扣押行为；法院应加强对证据合法性的审查；同时，立法和司法解释也应进一步完善以明确相关标准和程序。若您有具体的法律问题或案例需要咨询，请直接向我提问。