被告不在公证现场，公证人员自行公证一般是不合法的。下面我从几个角度详细解释这个问题：

一、公证的基本原则

公证是一项严肃的法律活动，它要求公证人员在办理公证时，必须遵循真实、合法、公正的原则。其中，真实性原则要求公证人员必须亲自核实相关事实，确保公证事项的真实无误。如果被告不在公证现场，公证人员就无法直接核实被告的真实意愿和相关事实，这显然违反了公证的真实性原则。

二、公证的程序要求

根据《中华人民共和国公证法》的相关规定，公证机构办理公证，应当根据不同公证事项的办证规则，分别审查下列事项：当事人的身份、申请办理该项公证的资格以及相应的权利；提供的文书内容是否完备，含义是否清晰，签名、印鉴是否齐全；提供的证明材料是否真实、合法、充分；申请公证的事项是否真实、合法。在被告不在场的情况下，公证人员无法对被告的身份、资格、权利以及相关事实进行核实，也无法确保公证文书的真实性和合法性。

三、可能的法律后果

如果公证人员在被告不在场的情况下自行公证，那么这份公证文书可能会因为缺乏真实性和合法性而被撤销或认定为无效。一旦公证文书被撤销或认定为无效，那么基于这份公证文书所进行的法律行为（如房产过户、遗产继承等）也可能会受到影响，甚至可能导致相关法律行为的无效。

四、特殊情况下的处理

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果被告因为特殊原因（如疾病、出国等）无法亲自到场，但已经通过书面形式明确表达了其真实意愿，并且提供了充分的证明材料，那么公证人员可以在核实相关事实后，依法办理公证。但这种情况需要严格的程序和证据支持，不是公证人员可以自行决定的。

建议：如果你遇到了类似的情况，即被告不在公证现场而公证人员却自行进行了公证，我建议你及时向相关的公证机构或司法行政部门进行反映和投诉。同时，你也可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。