公司有投诉不配合市监行政执法时，应首先明确公司确实存在违法行为时需配合调查处理，若不存在违法行为，则可依法维权。具体来说：

1. 确实存在违法行为时：若公司确实存在违法违规情况，应当积极配合市监行政执法的调查与处理。及时整改，纠正违法行为，以避免可能的行政处罚或法律风险。

2. 不存在违法行为时：若公司确信自身不存在违法行为，面对市监行政执法的投诉或不合理要求，可保持冷静，收集并保存相关证据，依法维权。首先，可向市监部门提交书面陈述或申辩材料，详细说明情况并反驳投诉内容。其次，若市监部门处理不当或存在偏见，可向上一级市监部门或政府申请行政复议。最后，还可通过行政诉讼等法律途径维权，确保公司合法权益得到保护。

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