医疗纠纷协议书医生不签名而只有医院盖章，在多数情况下并不影响协议书的法律效力。以下是对此问题的详细分析：
一、法律效力基础
合同成立要件：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。这意味着，签字或盖章是合同成立的两种方式，只要满足其中之一，合同即可成立。
医院盖章的效力：医院作为法人单位，其盖章行为代表了医院的意志和承诺。在医疗纠纷协议书中，医院盖章即表示医院认可协议内容，并愿意承担相应的法律责任。
二、医生不签名的原因及影响
医生角色定位：在医疗纠纷处理中，医生通常是作为医疗行为的执行者，而非协议书的签订主体。协议书主要涉及医院与患者之间的权利义务关系，因此由医院盖章更为合适。
不影响协议效力：医生不签名并不影响协议书的法律效力。因为协议书的签订主体是医院和患者（或其法定代理人），医生作为医疗行为的执行者，其签名并非协议书成立的必要条件。
三、特殊情况下的考虑
医生个人责任：如果医疗纠纷涉及医生的个人责任，且协议书中明确约定了医生的个人义务或责任，那么在这种情况下，医生的签名可能更为重要。然而，即便如此，医院盖章仍然代表了医院对协议内容的认可和承担相应责任的意愿。
协议书内容完整性：无论医生是否签名，协议书的内容都应当完整、明确，并符合法律法规的规定。如果协议书内容存在瑕疵或违法之处，那么无论医生是否签名，都可能影响协议书的法律效力。
四、法律建议
确认协议书内容：在签订医疗纠纷协议书前，患者应仔细阅读协议书内容，确保自己的权益得到充分保障。如有疑问或不明之处，应及时向医院或专业律师咨询。
保留证据：患者应妥善保管与医疗纠纷相关的所有证据，包括病历资料、检查报告、协议书等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
寻求法律帮助：如果患者在签订协议书过程中遇到任何问题或纠纷，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据患者的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
综上所述，医疗纠纷协议书医生不签名而只有医院盖章，在多数情况下并不影响协议书的法律效力。然而，为了确保自己的权益得到充分保障，患者仍应仔细阅读协议书内容并保留相关证据。如有任何疑问或纠纷，应及时寻求专业律师的法律帮助。