微罪不诉（即酌定不起诉）是否会被开除，需结合具体案情、单位性质及内部规章制度综合判断，无法一概而论。以下从不同角度展开分析：

一、法律层面：不起诉类型与单位开除的依据

1. 法定不起诉
   若因犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或符合《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、已过追诉时效等）而不起诉，表明嫌疑人未触犯刑律。单位以此开除缺乏法律依据，属于违法解除劳动关系。

2. 酌定不起诉
   犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院可决定不起诉。此时虽未被起诉，但存在犯罪事实。若单位规章制度明确将此类情形列为可解除劳动合同的事由，且规章制度经过民主程序制定并向劳动者公示，则单位开除可能具有依据。

3. 存疑不起诉
   因证据不足不符合起诉条件而不起诉，不能认定员工有罪。单位据此开除通常缺乏依据，但部分单位可能因谨慎考虑而有所顾虑。

二、单位性质与内部规定的影响

1. 公职人员
   对于公职人员，若因犯罪情节轻微被不起诉，所在单位可能根据内部规定和相关法律法规进行纪律处分，如警告、记过、降级等，不一定直接开除，但可能面临不同程度的处分。若行为违反公职纪律要求，单位可能视情节给予相应处理，包括开除。

2. 一般企业员工
   对于一般企业员工，若犯罪行为情节轻微、未达刑事程度，且与本职工作无直接关联，多数用人单位不会据此解除劳动合同。但若不起诉原因涉及严重违反单位纪律、给单位形象和经营带来严重负面影响，用人单位极有可能做出解聘决定。

三、实践中的考量因素

1. 犯罪行为与本职工作的关联性
   若犯罪行为与本职工作密切相关（如财务人员涉嫌职务侵占），即使不起诉，单位也可能因信任关系破裂而解除劳动合同。

2. 单位对员工品行的要求
   部分单位（如金融机构、教育机构）对员工品行要求极高，即使不起诉，也可能因“道德风险”而拒绝录用或解除劳动合同。

3. 后续背景调查与内部审查
   即使不起诉，单位若进行背景调查或内部审查，知晓该情况后，也可能重新评估员工是否适合继续留任。

四、法律建议

1. 审查单位规章制度
   若面临开除风险，首先应审查单位规章制度是否明确将不起诉情形列为可解除劳动合同的事由，以及规章制度是否经过民主程序制定并向劳动者公示。

2. 主张违法解除的赔偿
   若单位无正当理由开除，劳动者可主张违法解除劳动合同的赔偿金（通常为2N，N为工作年限对应的月工资）。

3. 协商与沟通
   在单位作出开除决定前，可尝试与单位协商，说明不起诉的原因及自身态度，争取保留劳动关系。

结语：微罪不诉是否会被开除，需结合具体案情、单位性质及内部规章制度综合判断。若您面临此类问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业法律意见。