针对您提出的“城乡规划法第六十五条是否适用镇区国有建设用地”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条的具体内容。该条款规定：“在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。” 从这一条款的表述中，我们可以看出其适用范围是“乡、村庄规划区”。

接下来，我们需要区分“乡、村庄规划区”与“镇区国有建设用地”的不同。乡、村庄规划区通常指的是农村地区，其土地性质多为集体所有。而镇区国有建设用地，则明确指的是镇区范围内，土地性质为国有所有的建设用地。这两者在土地性质、规划管理以及法律适用上均存在显著差异。

进一步地，我们参考相关法律法规及实践案例。对于国有土地上的违法建筑拆除，一般是由城乡规划部门负责，并依据《中华人民共和国城乡规划法》的相关条款（如第六十四条）进行处理。而第六十五条，如前所述，主要针对的是乡、村庄规划区内的违法建设行为。

此外，从行政执法的实践来看，不同土地性质上的违法建筑拆除，其执法主体、执法程序以及法律适用均有所不同。对于镇区国有建设用地上的违法建筑，若需拆除，应依据相关法律法规，由具有相应职权的行政机关进行，并遵循相应的执法程序。

综上所述，《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条并不直接适用于镇区国有建设用地。对于镇区国有建设用地上的违法建设行为，应依据其他相关法律法规进行处理。若您在实际操作中遇到相关问题，建议咨询当地城乡规划部门或法律专业人士，以获取更具体、更准确的法律指导。