确认仲裁协议无效的案件，法院在审理时一般不采用独任制，而是采用合议制。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与审理原则

根据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，确认仲裁协议效力的案件属于特别程序案件。这类案件的审理，通常遵循更为严格和正式的程序要求。在民事诉讼中，独任制与合议制是两种基本的审判组织形式。独任制适用于事实清楚、权利义务关系明确、争议不大的简单民事案件，而合议制则适用于较为复杂或重大的案件。

二、确认仲裁协议无效案件的性质

确认仲裁协议无效的案件，往往涉及对仲裁协议条款的解读、对当事人真实意思表示的探究，以及对仲裁法相关规定的适用。这类案件可能涉及复杂的法律问题和事实认定，需要更为审慎和全面的审理。因此，从案件性质和审理需求来看，采用合议制更为合适。

三、法院审理实践

在司法实践中，法院在审理确认仲裁协议无效的案件时，通常会组成合议庭进行审理。合议庭由审判员或审判员与陪审员共同组成，能够集思广益，确保案件的公正和准确审理。这种审理方式有助于充分保障当事人的诉讼权利，提高审判质量。

四、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下确认仲裁协议无效的案件采用合议制，但也不能完全排除在特定情况下采用独任制的可能性。然而，这种情况极为罕见，且需要满足严格的条件，如案件事实异常清楚、法律适用异常明确等。即便如此，法院在决定采用独任制时也会极为谨慎，以确保不会损害当事人的合法权益和审判的公正性。

建议：

• 如果您面临确认仲裁协议无效的案件，建议积极准备相关证据和材料，以充分支持自己的主张。
• 在诉讼过程中，您可以关注法院的审判组织形式，如果发现法院决定采用独任制而您认为案件较为复杂或存在重大争议，您可以及时提出异议并要求组成合议庭进行审理。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议。