结论前置：企业犯罪若仅追究了直接责任人，可能存在法律适用或证据认定上的问题，需结合具体情形分析责任主体是否完整。以下是分情况说明：

1. 若企业本身构成单位犯罪，仅追究直接责任人属于法律适用错误

根据《刑法》第三十条、第三十一条，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。

• 责任主体完整性：单位犯罪需同时追究单位（企业）和直接责任人的刑事责任。若仅追究个人，可能因证据不足未认定单位犯罪，或办案机关未依法启动单位犯罪程序。
  
• 救济途径：
  
  • 若认为企业应被追究责任，可向办案机关提出书面异议，要求补充调查单位犯罪事实；
    
  • 若案件已进入审判阶段，可申请法院调取企业决策记录、财务凭证等证据，证明犯罪行为系单位意志体现。

2. 若企业不构成单位犯罪，仅追究直接责任人可能合法

根据《全国法院审理金融犯罪案件工作座谈会纪要》，个人为进行违法犯罪活动而设立的公司、企业、事业单位实施犯罪的，或公司、企业、事业单位设立后以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处，而应追究直接责任人的个人责任。

• 关键认定点：需证明犯罪行为系个人意志而非单位意志，例如：
  
  • 犯罪决策未经企业集体讨论或章程授权；
    
  • 违法所得归个人所有而非企业；
    
  • 企业日常经营与犯罪行为无关联。
    
• 若符合该情形：仅追究直接责任人符合法律规定，但需确保办案机关已充分排除单位犯罪可能性。

3. 若存在遗漏责任主体的情形，可通过法律程序补救

• 刑事程序补救：
  
  • 在侦查阶段，可向公安机关提交企业决策文件、会议记录等证据，要求追加单位为犯罪主体；
    
  • 在审查起诉阶段，可向检察院提出立案监督申请，要求纠正遗漏单位犯罪的情形；
    
  • 在审判阶段，可申请法院通知企业作为第三人参与诉讼，或通过抗诉程序主张单位责任。
    
• 民事赔偿补充：若刑事程序无法追加单位责任，可另行提起民事诉讼，要求企业承担因管理过失导致的赔偿责任（如未履行合规审查义务）。

4. 实务建议：分阶段采取行动

• 侦查阶段：重点收集企业决策流程、资金流向等证据，证明犯罪行为与单位意志的关联性；
  
• 审查起诉阶段：与检察官沟通单位犯罪的认定标准，提交书面法律意见；
  
• 审判阶段：申请调取企业审计报告、税务记录等客观证据，反驳“个人犯罪”的定性。

提示：企业犯罪的责任认定需结合主体资格、犯罪意志、利益归属等要素综合判断。若您手中有相关证据材料（如企业章程、会议纪要、财务凭证等），可进一步向我说明具体案情，我将为您分析责任主体认定的合法性及补救方案。