关于您提出的“停薪留职由原事业单位交社保是否合法”的问题，这实际上涉及到了停薪留职期间社保缴纳的法律规定与实际操作情况，以下是我为您提供的详细解答：
一、停薪留职的定义与性质
停薪留职是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，由用人单位与该职工依法签订的一种合同。在此期间，职工虽然暂停工作并不领取工资，但其与单位的劳动关系依然存在。这是理解停薪留职期间社保缴纳问题的基础。
二、社保缴纳的法律依据与原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条的规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这是社保缴纳的基本法律依据。
缴纳原则：
- 在停薪留职期间，由于劳动关系依然存在，从法律原则出发，用人单位应当继续为职工缴纳社保。然而，实际操作中可能因双方约定、单位规定或地区差异而有所不同。
三、停薪留职期间社保缴纳的具体情况
双方有约定的情况：
- 如果职工和单位在停薪留职协议中明确约定了社保的缴纳情况，那么双方应按照协议内容执行。例如，协议中可能规定单位继续为员工缴纳社保，但费用中原本由单位承担的部分仍由单位缴纳，个人部分则由员工自行承担并定期交给单位统一缴纳。
双方无约定的情况：
- 当双方没有就社保缴纳问题进行约定时，情况则相对复杂。虽然法律原则上要求用人单位继续为职工缴纳社保，但由于停薪留职这种用工形式在法律上缺乏明确统一的规范，一些地区可能会基于公平原则或考虑协议的实际情况等因素，对社保缴纳要求作出不同的判定。
四、建议与应对措施
明确约定：
- 为避免后续产生不必要的纠纷，职工在办理停薪留职时，应与单位签订详细的书面协议，并明确社保缴纳等相关事宜。这是保障双方权益的重要措施。
咨询单位：
- 若协议中未明确社保缴纳事项，或直接未签订协议，职工应主动向单位的人事或财务部门咨询，以了解单位的具体规定和实际操作方式。
维护权益：
- 如果已经出现社保缴纳方面的争议，职工应先尝试与单位协商解决。协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
五、结论
综上所述，停薪留职期间由原事业单位交社保在法律上是合法的，但具体操作可能因双方约定、单位规定或地区差异而有所不同。因此，职工在办理停薪留职时，应与单位明确社保缴纳等相关事宜，并在必要时采取适当的措施来维护自己的合法权益。