结论：甲方将合同金额为10万的项目分包给乙方，并签订9.9万的合同，这一行为是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合分析。
合法情况分析
合同内容真实且双方自愿：
- 如果甲方和乙方在签订合同时，均出于自愿，且合同内容真实反映了双方的意思表示，没有欺诈、胁迫等不法行为，那么从合同法的角度来看，这份合同是有效的。
- 合同金额的差异可能源于多种因素，如成本节约、优惠折扣、项目调整等，只要这些因素是合法且合理的，就不构成违法。
符合行业惯例和法律法规：
- 在某些行业中，分包合同金额低于总包合同金额是常见的做法，这可能是由于分包商提供了更优惠的价格或更高效的服务。
- 只要这种做法符合行业惯例，且没有违反相关法律法规（如反不正当竞争法、价格法等），就是合法的。
违法情况分析
存在欺诈或胁迫行为：
- 如果甲方在签订合同时存在欺诈或胁迫行为，导致乙方在不知情或被迫的情况下签订了合同，那么这份合同是无效的。
- 例如，甲方可能故意隐瞒项目真实成本，以低价诱使乙方签订合同，从而获取不正当利益。
违反法律法规的强制性规定：
- 如果分包合同的内容违反了法律法规的强制性规定，如最低工资标准、安全生产规定等，那么这份合同也是违法的。
- 例如，甲方可能为了降低成本，要求乙方以低于法定最低工资的标准支付工人工资，这就违反了劳动法的相关规定。
损害国家利益或社会公共利益：
- 如果分包合同的行为损害了国家利益或社会公共利益，如偷逃税款、污染环境等，那么这种行为也是违法的。
- 例如，甲方可能通过分包合同的方式逃避税收监管，从而损害国家利益。
建议与风险提示
- 审查合同内容：在签订分包合同时，双方应仔细审查合同内容，确保合同条款合法、合规且真实反映了双方的意思表示。
- 遵守法律法规：双方应严格遵守相关法律法规的强制性规定，不得损害国家利益或社会公共利益。
- 寻求专业意见：如果双方对合同内容或相关法律法规存在疑问，可以寻求专业律师或法律机构的意见，以确保合同的合法性和有效性。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业、全面的法律建议。